jurnal kimkom

Makalah Seminar Nasional Kimia XII, Jurusan Kimia FMIPA UGM
Yogyakarta, 21 Juni 2003
ANALISIS HUBUNGAN KUANTITATIF ANTARA STRUKTUR DAN
AKTIVITAS FUNGISIDA TURUNAN 1,2,4-THIADIAZOLIN
BERDASARKAN PARAMETER MOLEKULAR HASIL PERHITUNGAN
METODA PM3
Ida Puji Astuti Maryono Putri, Mudasir, Iqmal Tahir
Austrian Indonesian Centre for Computational Chemistry
Jurusan Kimia, FMIPA Universitas Gadjah Mada Yogyakarta
INTISARI
Telah dilakukan analisis Hubungan Kuantitatif antara Struktur dan Aktivitas
(HKSA) fungisida dari satu seri senyawa turunan 1,2,4-thiadiazolin dengan
didasarkan pada perhitungan sifat fisik kimia senyawa. Sifat fisikokimia dikompilasi
dari hasil perhitungan menggunakan pemodelan molekul metoda semiempirik PM3
sedangkan aktivitas senyawa dinyatakan sebagai nilai logaritmik konsentrasi efektif
sebesar 50 % (pEC50) dan merupakan data sekunder yang diperoleh dari literatur.
Analisis hubungan antara aktivitas fungisida dan sifat fisikokimia dilakukan
berdasarkan hubungan regresi multilinear dan dijalankan dengan program SPSS.
Hasil analisis HKSA memberikan model hubungan terbaik sebagai berikut:
pEC50 = -11,288 – 3,027 EHOMO + (5,938.10-4) ET + (7,432.10-3) Eb –
(9,81.10-5) Ee – 3,143 log P – 1,622 α - 0,526 GLOB + 0,714 MR +
3,665 log Koc
n=19 m=9 r=0,878 r2=0,770 SE=0,272 Fhitung/Ftabel=1,054 PRESS=0,703
Kata kunci : QSAR, fungisida, thiadiazolin
PENDAHULUAN
Pada pengembangan senyawa baru secara laboratorium ada beberapa langkah
eksperimen yang perlu dilakukan seperti: desain, sintesis, identifikasi, purifikasi dan
uji aktivitas. Kelemahan strategi ini adalah jika semua tahapan tersebut telah
dikerjakan, namun hasil yang diperoleh (senyawa yang diteliti) ternyata mempunyai
aktivitas yang tidak lebih baik dari senyawa-senyawa yang telah ada, sehingga waktu,
biaya dan tenaga yang telah dikeluarkan akan terbuang percuma. Sebagai solusi dari
masalah di atas adalah pengujian aktivitas senyawa yang akan disintesis dengan
pemodelan molekul menggunakan komputer. Dengan komputer terlebih dahulu dapat
dicari hubungan antara struktur, baik elektronik maupun geometri dari satu ataupun
sekelompok molekul yang telah dicurigai mempunyai aktivitas tertentu. Berdasarkan
2
model persamaan yang diperoleh dapat diprediksi pusat aktif (bagian dari
molekul/senyawa yang memberi sumbangan paling besar terhadap efek aktivitas),
sehingga desain molekul senyawa baru dengan aktivitas lebih tinggi dapat
dikonsentrasikan pada modifikasi pusat aktif tersebut (Richon dan Young, 1997). Hal
ini dapat membantu mengurangi kegagalan riset eksperimen serta dapat
mengefisiensikan tenaga dan biaya.
Hubungan antara struktur suatu senyawa dengan aktivitas biologisnya dapat
dinyatakan secara matematis, sehingga sering disebut Hubungan Kuantitatif
Struktur-Aktivitas (HKSA) atau Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR).
Asumsi mendasar dari QSAR adalah bahwa terdapat hubungan kuantitatif antara sifat
mikroskopis (struktur molekul dan sifat makroskopis/empiris (aktivitas biologis) dari
suatu molekul (Lee et al, 1996).
Riset tentang sintesis dan aplikasi bahan-bahan kimia baru perlu
dikembangkan dalam rangka diversifikasi produk dan membantu menjawab
permasalahan yang dihadapi pada aktivitas manusia. Contoh pada bidang pertanian
adalah diperlukannya riset tentang senyawa-senyawa yang dapat berkhasiat sebagai
insektisida, fungisida dan herbisida. Salah satu senyawa yang dapat berperan sebagai
fungisida adalah 1,2,4-thiadiazolin (Gambar 1) dan turunannya, yang telah diteliti
oleh Nakayama et al (1995). Senyawa ini mempunyai aktivitas fungisida pada jamur
yang menyerang tanaman mentimun. Analisis QSAR pada turunan senyawa ini telah
pula dilakukan oleh Hanum (2003) dengan menggunakan parameter elektronik.
Untuk melengkapi hasil penelitian yang telah diperoleh perlu dicobakan analisis
QSAR/HKSA senyawa tersebut menggunakan parameter lain, dimana dalam
penelitian ini digunakan parameter molekular.
Gambar 1. Struktur fungisida turunan 1,2,4-thiadiazolin
N
S
N
H3C N
X
Y
3
Untuk memperoleh hubungan antara struktur dan aktivitas yang signifikan,
pemilihan deskriptor / variabel yang akan diikutkan dalam persamaan model
merupakan langkah yang sangat menentukan (Kubinyi, 1993). Deskriptor
digolongkan menjadi deskriptor empirik dan deskriptor teoritik. Deskriptor empirik
diperoleh dari hasil percobaan eksperimental atau perhitungan yang menggunakan
parameter empirik, sedangkan deskriptor teoritik diperoleh dari perhitungan
komputasional (pemodelan molekul) yang diturunkan dari kimia teori (Lee et al,
1996). Deskriptor kimia kuantum dapat dipandang sebagai deskriptor teoritik dan
diperoleh dari perhitungan berdasarkan hukum mekanika kuantum terhadap struktur
molekul. Metode kimia kuantum dan teknik permodelan molekul memungkinkan
untuk karakterisasi sifat struktural molekul. Keuntungan yang dapat diambil dari
penggunaan deskriptor kimia kuantum dalam studi QSAR adalah: (i) senyawa beserta
substituen atau fragmennya dapat dikarakterisasi secara langsung hanya berdasar
pada struktur molekulnya, dan (ii) dapat memperkirakan mekanisme aksi dari
senyawa yang dipelajari (Karelson et al, 1996). Pada penelitian ini dilakukan analisis
QSAR pada senyawa turunan 1,2,4-thiadiazolin dengan menggunakan parameter
molekuler. Penelitian ini didasarkan pada perhitungan 13 macam parameter yang
diperoleh dari perhitungan orbital molekul, HC-QSAR yang ada pada program
Hyperchem, dan Toolkit for Estimating Physicochemical Properties of Organic
Compounds (TEPPOC).
METODE PENELITIAN
Bahan penelitian
Pada penelitian ini digunakan data aktivitas fungisida (pEC50) dari 1,2,4-
thiadiazolin dengan 19 variasi substituen, yang diberikan pada Tabel 1 (Nakayama et
al, 1995). Aktivitas dinyatakan dalam nilai pEC50 yakni –log(EC50) dengan EC50
adalah konsentrasi efektif 50 %. Seri senyawa 1,2,4-thiadiazolin yang dianalisis
mempunyai struktur sebagaimana terlihat pada Gambar 2.
Alat penelitian
Seperangkat komputer dengan spesifikasi : sistem operasi Microsoft Window
98, komputer processor Pentium IV; RAM 128,0 MB dengan perangkat lunak kimia
4
komputasi HyperChem for Windows versi 6,0; perangkat lunak statistika SPSS for
Windows versi 10.0; dan perangkat lunak Toolkit for Estimating Physicochemical
Properties of Organic Compounds (TEPPOC) versi 1.0. Berbagai senyawa fungisida
turunan 1,2,4-thiadiazolin dan data aktivitas senyawa (pEC50) ditunjukkan pada Tabel
1.
N
S
N
H3C N
1
6
5
4
3
2
Y
Cl
Gambar 2. Sistem penomoran senyawa turunan 1,2,4-thiadiazolin.
Tabel 1. Data aktivitas senyawa fungisida 1,2,4-thiadiazolin (Nakayama et al, 1995)
No Substituen Y pEC50
1 4-Me 4,54
2 4-Cl 4,67
3 H 4,11
4 2-Cl 4,50
5 3-Cl 4,11
6 3-Me 4,08
7 4-F 4,16
8 4-Br 4,50
9 4CF3 3,49
10 4-OMe 4,48
11 4-NMe2 3,39
12 4-Et 4,18
13 4-Pr 3,16
14 4-iPr 4,39
15 4-Bu 4,07
16 3-Cl, 4-Cl 4,18
17 2-Me, 3-Me 4,12
18 3-Me, 4-Me 4,40
19 3-Me, 5-Me 4,10
5
Prosedur Penelitian
Kompilasi deskriptor elektronik
Deskriptor elektronik dikompilasi setelah dilakukan perhitungan struktur
dengan metoda semeimepirik PM3. Untuk setiap senyawa dibuat struktur 2 dimensi
dengan menggunakan program Hyperchem. Kemudian dilakukan penambahan atom
H dan pembentukan struktur 3 dimensi. Struktur yang terbentuk dioptimasi geometri
menggunakan metode semiempiris PM3 menggunakan algoritma Polak–Ribiere
dengan gradien 0,001 kkal/Å.mol dan batas iterasi maksimum 32767 kali. Optimasi
merupakan suatu metode untuk menghitung dan menampilkan struktur molekul
dengan energi potensial minimum dan gaya-gaya atomik terkecil dan diharapkan
merupakan representasi struktur molekul yang diadopsi senyawa tersebut di alam.
Senyawa yang telah dioptimasi secara geometris menggunakan metode PM3
kemudian dilakukan perhitungan single point yang disertai dengan perekaman untuk
mencatat energi-energinya. Data yang diperoleh dari prhitungan ini adalah energi
total (ET), energi ikat (Eb), energi elektronik (Ee), panas pembentukan (ΔHf) dan
momen dwikutub (μ).
Kompilasi deskriptor molekular dengan HC-QSAR
Beberapa deskriptor molekular dapat diperoleh dari HC-QSAR meliputi :
parameter hidrofobisitas atau koefisien partisi senyawa dalam pelarut oktanol/air (log
P), polarisabilitas (α), refraktivitas molar (MR), luas permukaan (grid) (SA) dan
volume molekular (V). Untuk perhitungan sifat molekul tersebut diperoleh dari
QSAR properties pada program Hyperchem. Parameter globularitas (GLOB) dihitung
sebagai perbandingan antara V dan SA
Kompilasi deskriptor molekular dengan TEPPOC
Untuk parameter lain yaitu log Koc (Koefisien partisi tanah/air) dan log SW
(kelarutan senyawa dalam air) diperoleh dari program TEPPOC. Pada perhitungan
menggunakan program ini langkah awal yang perlu dilakukan adalah membuat kode
SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) dari senyawa-senyawanya.
6
Setelah itu dilakukan konversi kode-kode SMILES tersebut ke dalam struktur 3-
dimensi dan dilakukan estimasi untuk memperoleh parameter log Koc dan log SW.
Analisis QSAR
Analisis regresi multilinear pada penelitian QSAR ini dilakukan dengan
program SPSS Windows dengan prosedur analisis regresi multilinear metode
backward. Variabel yang digunakan meliputi dua jenis variabel yaitu variabel tidak
bebas (pEC50) dan variabel bebas (lihat Tabel 2) yaitu: ELUMO, EHOMO, Et, Eb, Ee,
ΔHf, log P, α, μ, GLOB, MR, log Koc, dan log SW. Pemilihan model persamaan
terbaik dilakukan dengan mempertimbangkan parameter statistik r, r2, SE, F dan
PRESS (Predicted Residual Sum of Squares). Model persamaan terbaik yang
diperoleh digunakan untuk memprediksi harga aktivitas teoritis setiap senyawa.
Tabel 2 Daftar deskriptor yang digunakan dalam analisis QSAR
Simbol Satuan Definisi
E HOMO kkal/mol Tingkat energi orbital molekul tertinggi yang terisi elektron
E LUMO kkal/mol Tingkat energi orbital molekul terendah yang tidak terisi elektron
ET kkal/mol Energi total sistem molekul
Eb kkal/mol Energi ikat total
Ee kkal/mol Energi elektronik
ΔHf kkal/mol Panas pembentukan
log P -- Koefisien partisi n-oktanol/air
α Å3 Polarisabilitas molekular
μ Debye Momen dwikutub
GLOB Å Globularitas, rasio antara volume molekul dan luas permukaan
MR Å3 Refraktivitas molar
log Koc -- Koefisien partisi tanah/air
log SW -- Kelarutan dalam air
HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN
Rekapitulasi deskriptor
Pada bagian ini disajikan terlebih dahulu semua deskriptor molekular secara
lengkap yang telah diperoleh dari perhitungan, meliputi kompilasi deskriptor hasil
perhitungan PM3 dari HyperChem, perhitungan HC-QSAR dan dari TEPPOC. Hasil
selengkapnya disajikan dalam Tabel 3.
Makalah Seminar Nasional Kimia XII, Jurusan Kimia FMIPA UGM
Yogyakarta, 21 Juni 2003
Tabel 3. Hasil perhitungan deskriptor molekular senyawa turunan 1,2,4-thiadiazolin
No ELUMO EHOMO ET Eb Ee ΔHf Log P α μ GLOB MR log Koc log SW
1 -0,4734 -95,271 -71480 -3815 -486868 83,428 5,76 34,8 2,60 1,641 89,3 58,565 -5,252
2 -0,5154 -95,933 -74978 -3513 -487874 86,755 5,81 34,9 3,26 1,654 89,1 58,565 -5,464
3 -0,4718 -95,417 -68027 -3530 -449574 93,397 5,29 33,0 2,75 2,494 84,3 56,478 -4,711
4 -0,7296 -94,185 -74977 -3512 -494731 87,855 5,81 34,9 3,18 1,655 89,1 58,654 -5,464
5 -0,5143 -96,088 -74978 -3513 -488868 86,955 5,81 34,9 3,60 1,637 89,1 58,565 -5,464
6 -0,3946 -94,795 -71479 -3814 -487957 84,004 5,76 34,8 2,52 1,645 89,3 58,565 -5,252
7 -0,5127 -95,995 -77825 -3540 -492512 49,931 5,43 32,9 3,71 1,640 84,5 58,565 -5,421
8 -0,5453 -96,277 -75822 -3496 -487650 101,254 6,08 35,6 3,52 1,636 91,9 58,565 -5,754
9 -0,7418 -99,499 -100893 -3863 -631361 -65,064 6,17 34,5 5,46 1,650 90,2 64,985 -6,755
10 -0,3847 -93,624 -78240 -3902 -530919 55,140 5,04 35,4 3,37 1,660 90,7 54,987 -4,807
11 -0,3181 -90,409 -79018 -4249 -569102 89,439 5,55 38,0 2,06 1,516 98,7 53,142 -4,596
12 -0,4688 -95,201 -74927 -4094 -525931 79,169 6,15 36,6 2,65 1,672 93,9 61,417 -5,772
13 -0,3863 -94,714 -78376 -4374 -563509 74,028 6,55 38,5 2,67 1,654 98,5 64,067 -6,292
14 -0,3871 -94,895 -78375 -4374 -568317 74,486 6,48 38,5 2,68 1,659 98,5 63,392 -5,975
15 -0,3858 -94,706 -81824 -4655 -601683 68,578 6,94 40,3 2,68 1,702 103,0 66,717 -6,812
16 -0,5949 -96,219 -81927 -3495 -530825 81,481 6,32 36,8 3,93 1,667 93,9 60,742 -6,217
17 -0,4557 -93,215 -74929 -4096 -535399 77,163 6,22 36,6 2,44 1,666 94,4 60,831 -5,793
18 -0,3731 -93,940 -74931 -4098 -528737 75,304 6,22 36,6 2,46 1,657 94,4 60,742 -5,793
19 -0,4598 -94,300 -74932 -4098 -530492 74,705 6,22 36,6 2,74 1,648 94,4 60,742 -5,793
Tabel 5. Model persamaan regresi dengan deskriptor terpilih untuk setiap kombinasi
Model Konst ELUMO EHOMO ET/10-04 Eb/10-03 Ee/10-05 ΔHf/10-02 Log P α μ GLOB MR Log Koc Log S/W α μ
1 -14,956 -0,693 -2,739 4,827 8,070 -6,400 -2,511 -3,514 -1,168 -0,678 -0,435 0,770 4,338 0,299 -1,168 -0,678
2 -16,654 -0,753 -3,210 5,101 8,110 -7,194 -2,160 -3,645 -1,203 -0,734 -0,443 0,749 3,921 -1,203 -0,734
3 -17,986 -3,279 5,603 9,371 -8,380 -1,853 -4,274 -1,573 -0,798 -0,490 0,905 4,979 -1,573 -0,798
4 -24,131 -3,927 6,101 9,633 -1,060 -4,755 -2,073 -0,702 -0,640 0,996 5,698 -2,073 -0,702
5 -11,288 -3,027 5,938 7,432 -9,808 -3,143 -1,622 -0,526 0,714 3,665 -1,622
6 -7,338 -2,392 5,019 6,414 -8,434 -2,517 -1,335 0,579 2,959 -1,335
7 -0,561 -2,318 3,723 3,930 -6,912 -0,527 -0,219 0,241 -0,219
8 -1,787 -2,552 3,797 3,894 -7,058 -0,399 -0,237 -0,237
8
9 6,350 -1,582 3,235 3,406 -6,074 -0,303 -0,303
Makalah Seminar Nasional Kimia XII, Jurusan Kimia FMIPA UGM
Yogyakarta, 21 Juni 2003
Tabel 4. Beberapa model persamaan QSAR yang memenuhi parameter statistik
Model Parameter n m r r2 SE
Fhitung
/Ftabel
1 log SW, GLOB, ELUMO, ΔHf, EHOMO, MR, μ,
Eb, log P, ET, log Koc, α, Ee 19 13 0,905 0,819 0,324 0,375
2 GLOB, ELUMO, ΔHf, EHOMO, MR, μ, Eb, log P,
ET, log KOC, α, Ee 19 12 0,905 0,819 0,296 0,566
3 GLOB, ΔHf, EHOMO, MR, μ, Eb, log P, ET, log
Koc, α, Ee 19 11 0,902 0,814 0,278 0,773
4 GLOB, EHOMO, MR, μ, Eb, log P, ET, log Koc,
α, Ee 19 10 0,893 0,797 0,271 0,941
5 GLOB, EHOMO, MR, Eb, log P, ET, log Koc, α,
Ee 19 9 0,878 0,770 0,272 1,054
6 EHOMO, MR, Eb, log P, ET, log Koc, α, Ee 19 8 0,854 0,730 0,280 1,100
7 EHOMO, Eb, log P, ET, log Koc, α, Ee 19 7 0,837 0,701 0,281 1,224
8 EHOMO, Eb, log P, ET, α, Ee 19 6 0,836 0,700 0,270 1,554
9 EHOMO, Eb, ET, α, Ee 19 5 0,818 0,669 0,272 1,738
n=jumlah data; m=jumlah variabel yang masuk dalam persamaan; r=koefisien korelasi; r2=koefisien
determinasi; SE=standar error; F=kriteria Fisher hasil analisis ANOVA
Data hasil perhitungan sifat fisik pada tabel 3 memberikan gambaran bahwa
senyawa-senyawa turunan 1,2,4-thiadiazolin memiliki harga log Koc dan Log SW
yang berdekatan. Ini berarti bahwa senyawa turunan 1,2,4-thiadiazolin memiliki
kadar kesetimbangan dalam fasa air dan fasa tanah yang hampir sama. Senyawasenyawa
ini juga memiliki sifat kelarutan dalam air yang hampir sama.
Untuk menentukan variabel-variabel bebas yang akan dipilih dalam
pembentukan model persamaan QSAR dipergunakan analisis multilinear.
Sardjoko (1993) melaporkan jumlah parameter sebagai parameter bebas dapat
dikurangi atau ditambah. Jumlah variabel bebas yang dianalisis dalam penelitian ini
berjumlah 13 parameter. Untuk keperluan tersebut digunakan perangkat lunak SPSS
windows versi 10,0 dengan metode backward untuk mendapatkan persamaan terbaik.
Setelah dicoba berbagai model kombinasi QSAR maka diperoleh beberapa
persamaan yang secara statistik cukup baik. Pemilihan model persamaan QSAR
terbaik dilihat dengan menggunakan parameter statistik r, r2, PRESS, SE (standard
error) dan juga rasio Fhitung dengan Ftabel.
Pada tabel 4 dan 5 terlihat bahwa tidak semua model persamaan QSAR yang
diperoleh signifikan pada tingkat kepercayaan 95%. Hal ini terlihat dari harga rasio
10
Fhitung/Ftabel yang kurang dari 1. Model yang tidak signifikan terjadi pada model
persamaan 1- 4.
Secara statistik model persamaan dengan rasio Fhitung/Ftabel kurang dari 1 tidak
dapat diterima. Jika Fhitung lebih kecil dibandingkan dari Ftabel maka daerah hipotesis
(H0) yang menyatakan tidak adanya signifikansi statistik dalam persamaan regresi
yang berkaitan dengan jumlah variabel yang digunakan diterima, yang berarti
persamaan regresi tidak signifikan.
Parameter r, r2, SE dan F meskipun secara statistik telah mencukupi tetapi
belum dapat memberikan gambaran yang riil tentang kemampuan prediksi dari model
persamaan yang dihasilkan. Untuk melihat kemampuan prediksi dari model
persamaan yang dihasilkan dapat digunakan parameter statistik yang lain yaitu
PRESS. PRESS itu sendiri dapat didefinisikan sebagai kuadrat dari selisih antara
aktivitas eksperimen dengan aktivitas prediksi dengan menggunakan model
persamaan terkait. Semakin kecil nilai PRESS berarti selisih antara aktivitas
eksperimen dan aktivitas prediksi semakin kecil, ini berarti bahwa kemampuan model
persamaan tersebut untuk memprediksikan nilai aktivitas akan semakin bagus. Harga
aktivitas fungisida prediksi seri senyawa 1,2,4-thiadiazolin (pEC50) yang dihitung
berdasarkan model-model persamaan yang telah diketahui signifikan pada tingkat
kepercayaan 95% diberikan pada tabel 6.
Jika hanya melihat data parameter statistik r dan r2, maka model persamaan 1
dan 2 merupakan persamaan terbaik karena memiliki harga r dan r2 yang paling besar.
Kedua model persamaan ini ternyata memiliki nilai r dan r2 yang sama yaitu sebesar
r=0,905 dan r2=0,819. Namun demikian, model persamaan ini tidak dapat digunakan
sebagai model persamaan terbaik karena dari parameter statistik Fhitung/Ftabel untuk
keduanya memiliki harga kurang dari 1.
SE dari model-model persamaan yang dihasilkan juga mempunyai harga yang
relatif tidak jauh berbeda, yaitu berkisar antara 0,26-0,32. Namun demikian, harga
PRESS pada metode PM3 ini relatif berbeda, khususnya untuk persamaan 5. Dengan
melihat parameter statistik PRESS dapat ditentukan model persamaan terbaik adalah
model persamaan 5 yang mempunyai harga PRESS paling kecil. Dengan demikian,
11
pada analisis QSAR terhadap senyawa 1,2,4-thiadiazolin yang didasarkan pada
perhitungan elektronik dengan metode PM3 dengan melihat parameter-parameter
statistik r, r2, SE, Fhitung/Ftabel dan PRESS dihasilkan model persamaan QSAR
terbaik adalah model persamaan 5, sebagai berikut:
pEC50 = -11,288 – 3,027 EHOMO +(5,938.10-4) ET +(7,432.10-3) Eb –(9,81.10-5) Ee –
3,143 log P – 1,622 α - 0,526 GLOB + 0,714 MR +3,665 log Koc
n=19 r=0,878 SE=0,272 Fhitung/Ftabel=1,054 PRESS=0,703
Tabel 6. Data pEC50 prediksi untuk model-model QSAR
Senyawa pEC50pred
No pEC50eksp
Model 5 Model 6 Model 7 Model 8 Model 9
1 4,54 4,31 4,22 4,31 4,35 4,31
2 4,67 4,30 4,25 4,37 4,40 4,34
3 4,11 4,51 4,77 4,77 4,80 4,71
4 4,50 4,48 4,45 4,44 4,44 4,48
5 4,11 4,45 4,38 4,47 4,51 4,43
6 4,08 4,28 4,20 4,28 4,31 4,30
7 4,16 4,08 4,05 4,18 4,18 4,23
8 4,50 4,04 4,02 3,89 3,94 3,95
9 3,49 4,12 4,11 4,13 4,18 4,15
10 4,48 4,40 4,31 4,26 4,27 4,04
11 3,39 3,48 3,53 3,64 3,69 3,65
12 4,18 4,12 4,05 4,07 4,10 4,04
13 3,16 3,55 3,56 3,62 3,64 3,62
14 4,39 4,02 3,96 4,02 4,05 3,94
15 4,07 3,20 3,27 3,33 3,34 3,31
16 4,18 4,09 4,13 4,25 4,27 4,22
17 4,12 4,32 4,27 4,21 4,23 4,30
18 4,40 3,84 3,84 3,91 3,94 4,00
19 4,10 4,12 4,07 4,11 4,15 4,16
PRESS 0,70 0,84 0,87 0,87 0,96
Pemilihan model persamaan 5 sebagai persamaan QSAR terbaik bertitik tolak
pada hal-hal berikut :
1. Nilai r yang relatif tinggi yaitu 0,878
Nilai r yang mendekati 1 ini menyatakan bahwa korelasi antara sifat fisikokimia
dengan pEC50 sangat erat.
12
2. Nilai SE atau standard error yang relatif kecil yaitu 0,272
Kecilnya harga SE menyatakan bahwa penyimpangan data yang terjadi sangat
kecil, atau dapat dikatakan bahwa signifikasi data tinggi.
3. Nilai Fhitung/Ftabel lebih besar dari 1 yaitu 1,054
Nilai Fhitung/Ftabel lebih besar dari 1 menyatakan bahwa H1 diterima, yang berarti
ada signifikan pada tingkat kepercayaan 95% antara sifat fisikokimia senyawa
dengan aktivitasnya sebagai senyawa fungisida (pEC50)
4. Mempunyai harga PRESS yang paling kecil yaitu 0,703
Nilai PRESS data yang kecil memberikan gambaran bahwa perbedaan antara
aktivitas senyawa fungisida eksperimen dengan aktivitas senyawa fungisida
prediksi kecil. Ini berarti bahwa model persamaan mempunyai kemampuan yang
cukup baik untuk memprediksikan aktivitas fungisida seri senyawa turunan 1,2,4-
thiadiazolin.
5. Melibatkan parameter yang relatif sedikit yaitu 9 parameter sehingga persamaan
modelnya relatif sederhana
Korelasi antara aktivitas fungisida eksperimen (pEC50eksp) dengan aktivitas
fungisida prediksi (pEC50pred) untuk model persamaan QSAR terbaik diberikan pada
grafik Gambar 3.
y = 0.7738x + 0.8936
R2 = 0.7701
3
3.5
4
4.5
5
3 3.5 4 4.5 5
pEC50exp
pEC50pred
Gambar 3. Grafik korelasi antara aktivitas fungisida eksperimen (pEC50eksp) dengan
aktivitas fungisida prediksi (pEC50pred)
13
KESIMPULAN
Model persamaan QSAR yang diperoleh mengindikasikan bahwa deskriptor
yang bertanggungjawab terhadap aktivitas senyawa fungisida turunan 1,2,4-
thiadiazolin adalah refraktivitas molar, globularitas, polarisabilitas molekular,
koefisien partisi n-oktanol/air, energi HOMO, energi total sistem molekul, energi
elektronik dan koefisien partisi tanah/air. Untuk desain senyawa fungisida baru
turunan 1,2,4-thiadiazolin sebaiknya dilakukan dengan cara memvariasi gugus-gugus
yang dapat mengubah harga deskriptor-deskriptor tersebut sedemikian rupa sehingga
menaikkan aktivitas fungisida senyawa yang diusulkan.
DAFTAR PUSTAKA
Hanum, M., 2003, Analisis Hubungan Kuantitatif Antara Struktur dan Aktivitas
Fungisida Turunan 1,2,4-Thiadiazolin Berdasarkan Perhitungan Muatan
Bersih Atom, Skripsi S1 FMIPA, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta.
Karelson, M., Lobanov, V.S., dan Katrizky, A.R., 1996, Quantum-Chemical
Descriptors in QSAR/QSPR Studies, Chem. Rev., 96, 1027-1043.
Kubinyi, H., 1993, QSAR : Hansch Analysis and Related Approach, VCH
Verlagsgesellschafr, Weinheim.
Lee, K.W., Kwon, S.Y., Hwang, S., Lee, J.U., dan Kim, H., 1996, Quantitative
Structure-Activity Relationship (QSAR) Study on C-7 Substituted Quinolone,
Bull. Korean Chen. Soc., 17, 147-152
Nakayama,A., Hagiwara,K., Hashimoto,S., dan Hosaka, 1995, Quantitative
Structure-Activity and Molecular Modeling Studies of Novel Fungicides and
Herbicides Having 1,2,4-Thiadiazoline Structure, Am. Chem. Soc.,
Washington, DC, 213-228
Richon, A.B., dan Young, S.S., 1997, An Introduction to QSAR Methodology,
Http://www.netsci.org/science/compchem/feature19.html/ diakses tanggal 7
maret 2003.
Sardjoko, 1993, Rancangan Obat, Gadjah Mada University Press, Yogyakarta