Rabu, 04 Januari 2012

Chemistry Add-in for Word

Dalam kimia, tidak hanya ada bahasa tertentu, tetapi juga simbol-simbol tertentu. Memberdayakan simbol-simbol dengan memungkinkan mereka untuk berkomunikasi di seluruh teknologi dan format, serta menyederhanakan penjelasan authoring dan semantik, berada di jantung Kimia Add-in untuk Word. Informal disebut Chem4Word, ini perangkat gratis yang diresmikan selama Spring American Chemical Society 2010 Pertemuan Nasional & Pameran. 

Chem4Word membuat lebih mudah bagi mahasiswa, ahli kimia dan peneliti untuk memasukkan dan memodifikasi informasi kimia, seperti label, rumus dan 2-D penggambaran, dari dalam Microsoft Office Word. Dirancang untuk dan diuji di kedua Word 2007 dan Word 2010, itu memanfaatkan kekuatan Kimia Markup Language (XML untuk kimia), sehingga memungkinkan tidak hanya untuk konten penulis kimia dalam Firman, tetapi juga untuk memasukkan data di balik struktur tersebut. Chem4Word dan Kimia Markup Language membuat dokumen kimia terbuka, mudah dibaca dan mudah diakses, tidak hanya untuk orang lain, tetapi juga untuk teknologi lainnya.
 


Selain fungsi authoring, Chem4Word memungkinkan pengguna denotasi inline "zona kimia," rendering penggambaran visual yang berkualitas tinggi dan siap cetak struktur kimia dan kemampuan untuk menyimpan dan mengekspos informasi kimia seluruh masyarakat kimia global.

Produk dari kolaborasi yang sedang berlangsung antara Microsoft Research dan Dr Peter Murray-Rust, Dr Joe Townsend,dan Jim Downing dari Pusat Unilever Informatika Ilmu Molekuler di University of Cambridge, proyek Chem4Word mengambil inspirasi dari kemampuan authoring persamaan-matematik di Word 2007. Kami juga telah mengambil keuntungan dari user interface dan fitur XML diperpanjang sudah termasuk dalam Office 2007 dan Office 2010, dan kami berharap ini memberikan demonstrasi kekuatan Microsoft Office sebagai platform. Microsoft Research bekerja sama dengan individu dalam bidang kimia untuk mengembangkan alat ini, tapi Microsoft Office menyediakan alat dan sumber daya untuk mengaktifkan domain lain untuk mengembangkan di atas aplikasi Office.

Sejak 1 Februari 2011 lalu telah di-realese sebuah add-in untuk microsoft word, Chemistry Add-in Word. Sebagai penyempurnaan dari versi sebelumnya (Chemistry Add-in for Word Beta version). Banyak penyertaan di sana-sini yang tentu saja membuatnya semakin powerfull.


Chemistry Add-in untuk Word ini merupakan aplikasi yang ditambahkan ke aplikasi olah kata Word yang memudahkan penggunanya dalam hal mengetik dan menyisipkan rumus struktur senyawa kimia, serta berbagai informasi kimia lain kedalam dokumen yang dibuat dengan word. Jadi sangat tepat jika orang yang berkecimpung dalam bidang kimia atau bidang terapannya. Ini memang merupakan alternatif bukan cara satu-satunya. Perbedaannya dengan aplikasi lain adalah soal ke-integrasiannya dengan word. Semua dilakukan secara terintegrasi, mulai dengan pencarian nama senyawa, pengeditan struktur dua dimensi (2D) dan lain-lain. 

Tidak ada hambatan dalam menginstall add-in ini ke dalam word sistem operasi Windows 7. Beda dengan versi sebelumnya saat itu menggunakan Windows XP yang harus diperbaharui dot NET Framework-nya menjadi dot NET Framework 3.5 Sp1. Jadi pada saat anda menginstall kalau menemui hambatan paling yah diminta untuk menginstall dot NET Framework tadi. 

Untuk menginstall Chemistry Add-in for Word ini silahkan double klik file Chem4WordSetup.exe kemudian ikuti instruksinya hingga selesai (tidak banyak langkah, kurang lebih 3 kali klik saja). Manual atau cara menggunakannya bisa diakses dari menu help. Jadi tidak perlu mengunduh manualnya secara terpisah. Tapi kalau mau mengunduhnya jangan kwatir sudah disediakan oleh pengembangnya. 


Berbagai fitur yang terdapat dalam Chemistry Add-in for Word ini bisa kita simak dalam manual tersebut. Yang paling menyolok dalam versi 1 ini adalah dalam hal editing strukutur, kita bisa memutar, mengganti gugus fungsi tertentu, bahkan mengubah sudut ikatan pada struktur tersebut. Termasuk menambah atau menggantikan muatan dengan smart bisa dilakukan dalam word itu sendiri. 


Pada saat melakukan pengeditan kalau memerlukan referensi tabel periodik kita bisa mengaksesnya dari Menu Atom -> Change Atom Type -> More, setelah itu maka akan dimunculkan pop-up tabel periodik untuk kita pilih dengan menge-klik unsur yang kita maui. 



sumber : http://research.microsoft.com/, http://blogs.msdn.com/, http://urip.wordpress.com/

ChemSpider


ChemSpider adalah struktur database bebas kimia menyediakan teks yang cepat dan akses pencarian untuk struktur lebih dari 26 juta struktur dari ratusan sumber data. 


Cara menggunakan web services ChemSpider dari Knime 
KNIME adalah open source integrasi data, pengolahan, analisis, dan platform eksplorasi yang dapat digunakan untuk membuat alur kerja untuk menganalisis data.

Knime telah bereksperimen dengan menambahkan node untuk sebuah proyek yang akan memanggil web services ChemSpider untuk melakukan pencarian sederhana di atasnya dan petunjuk di bawah ini menjelaskan bagaimana untuk mereproduksi eksperimen kami. Hal ini dilakukan dengan KNIME 2.5.0, dengan "Klien WebService Generik" KNIME ekstensi diinstal.

  1. Dari Repositori Node menemukan "Klien WebService Generik" di bawah folder "Misc" dan drag ke dalam proyek Knime untuk menambahkan node baru
  2. Klik kanan pada "Klien WebService Generik" dan klik pada "Configure ..." pilihan
  3. WSDL untuk setiap WebService ChemSpider dapat ditemukan dengan menggunakan link dari halaman untuk WebService yang tepat. Sebagai contoh, WSDL untuk WebService Cari berada di http://www.chemspider.com/Search.asmx. Namun, jika Anda memasukkan ini sebagai lokasi WSDL Anda akan mendapatkan error ketika Anda mengklik "Menganalisis" tombol (karena pengecualian SOAP "'soapenc: Array' tipe sederhana atau complext terdefinisi. Ini adalah sesuatu yang kita cari dalam menangani di ChemSpider, tapi untuk saat ini solusi untuk menyalin WSDL, menggantikan soapenc kuno: Array tipe dengan TNS: ArrayOfString, dan menyimpan dan menggunakan WSDL diubah secara local. Tersedia untuk download here. File ini harus didownload, dan diekstraksi. Hal ini kemudian dapat dimasukkan dalam kolom "Lokasi WSDL" dari klien WebService Generik di KNIME (menggunakan lokasi dalam bentuk:.. file: / C: / temp / ChemSpiderSearchWSDL_no_soapencArray.WSDL) yang kemudian akan diproses dengan benar pada mengklik "Menganalisis" tombol
  4. Mengatur Port, operasi, input dan output seperti yang dipersyaratkan - lihat screencapture di bawah ini untuk pengaturan untuk demonstrasi saya. Perhatikan bahwa Anda harus menggunakan tanda Anda sendiri sebagai nilai untuk input tanda - jika Anda tidak memiliki satu sudah kemudian melihat petunjuk di sini untuk petunjuk.
  5. Tambahkan input dan output yang terhubung node ke dan dari node ini Klien WebService Generik diperlukan. Sebagai contoh, Anda bisa menambahkan node FileReader sebagai node awal, yang berbunyi dalam isi dari sebuah file teks yang hanya berisi istilah pencarian sebagai masukan (dan mengadaptasi nilai input diterima sebagai nilai masukan query SimpleSearch untuk peta untuk kolom ini, bukan hardcoding dalam nilai untuk mencari).Dan CSID output yang bisa ditulis ke file csv dengan menggunakan simpul Penulis CSV.
  6. Untuk mengeksekusi alur kerja, file csv output yang dibuat yang berisi ID ChemSpider (s) dari setiap senyawa yang cocok dengan istilah pencarian. Dalam kasus pencarian untuk "benzena" yang diambil adalah 236 CSID.


sumber : http://www.chemspider.com/

JChemPaint


Januari 2010: JCP 3.0.1 telah tersedia. Ini adalah rilis bugfix untuk 3.0. Download here atau lihat changelog.

Desember 2009: telah di rilis JCP 3.0. Ini adalah benar-benar desain yang dikerjakan ulang, menawarkan antarmuka yang lebih ramah kepada user. Telah dilakukan pengujian menyeluruh bahwa inilah yang lebih baik dan lebih stabil. Applet juga telah ditandai sehingga bisa melakukan IO dan itu lebih keil dan lebih cepat dari yang pernah ada. Downloads and a test page for the applet .

JChemPaint (atau JCP) adalah editor dan viewer untuk struktur kimia 2D dikembangkan menggunakan CDK. Hal ini diimplementasikan dalam beberapa bentuk: aplikasi Java dan dua varietas Java applet.



JChemPaint Editor applet
Sebuah applet adalah program Java yang berjalan hanya dalam halaman web.
Editor JCP memungkinkan pengguna untuk menggambar struktur kimia, dan untuk impor dan ekspor data struktur dalam plain-text format (SMILES, Molfile, CML)
Hal ini juga memungkinkan untuk pemrograman memuat dan menampilkan struktur kimia, yang kemudian dapat diedit oleh pengguna.

Untuk demonstrasi, kelompok Steinbeck (EBI) host berbagai rilis dari applet. Anda dapat mencoba stable relase disini, or lihat development version.

Sebuah snapshot dari applet rilis 3.0:

Untuk mempelajari cara memasukkan dan menggunakan applet dalam halaman web, lihat JChemPaint Inside Webpages.
JChemPaint Viewer applet
  • (Sebuah applet adalah program Java yang berjalan hanya dalam sebuah halaman web.)
  • Penampil JCP hanya memungkinkan untuk pemrograman menampilkan struktur kimia, dimana pengguna tidak dapat memodifikasi.
Demo page.


Untuk mempelajari cara memasukkan dan menggunakan applet dalam halaman web, lihat JChemPaint Inside Webpages.

JChemPaint application
  • Aplikasi adalah program yang berdiri sendiri. Perlu Machine Java yang terinstal Virtual untuk operasi.
  • Jika sistem Anda tidak memiliki JVM, mendapatkannya dari Sun's Java website
  • Aplikasi JCP memiliki semua fungsionalitas dari applet Editor JCP (lihat di bawah), ditambah file input dan output.
Berikut screenshot dari rilis 3.0:


GElement


GElement sebenarnya merupakan aplikasi yang dapat dipasang pada setiap sistem operasi Linux. Menurut saya GElement atau dengan nama sedikit beda GElemental namun tampilannya lebih bagus.


Tapi kali ini saya membahasannya setelah saya mencoba menggunakan ChemPup dalam Puppy Linux. Seperti halnya aplikasi yang menyajikan tabel periodik tentu akan memberikan informasi sedatail mungkin dengan tampilan yang sangat menarik. Tak terlalu banyak lebih-nya pada aplikasi yang satu ini.

Pada GElement ini kita bisa melihat properti terkait unsur masing-masing mulai dari informasi yang tergolong umum, sifat fisik, maupun sifat atomiknya.


Dari tabel ini kita juga bisa menelusuri lebih lanjut mengenai sumber yang dijadikan patokan pemberian nilai-nilai variabel sifat.


Berikut ini adalah screenshoot tampilan GElement model list, bukan dalam bentuk tabel seperti yang terlihat pada gambar-gambar sebelumnya. Kita bisa mengurutkan berdasarkan header tabel list yang ada juga bisa melihat sifat berdasarkan sifat umum (general), sejarah, sifat fisik, sifat termal, sifat atomik, bentuk kristalografik, elektronik dan sebagainya.


Aplikasi ini sangat cocok digunakan mempelajari materi yang terkait dengan sistem periodik, struktur atom dan kimia unsur.

Meskipun belum didapatkan yang dapat dipasang di sistem operasi windows, softaware serupa sudah banyak tersedia, baik dalam bentuk flash maupun web atau yang harus diinstall terlebih dahulu.



Sumber: http://urip.wordpress.com/2011/06/08/gelement-tabel-periodik-unsur-yang-memberi-banyak-informasi/
http://chittaputri.blogspot.com/2011/12/gelement.html

Kimux Hydrogen

Kimux 1.01 hydrogen adalah rilis perdana paket aplikasi kimia linux yang merupakan remastering distro Ubuntu 11.04. Kimux ini dibuat untuk membantu para pengguna pemula linux yang tidak ingin direpotkan dengan instalasi linux dan aplikasi kimia yang begitu banyak. Hanya dengan instalasi Kimux maka akan diperoleh paket linux beserta aplikasi kimia yang tinggal pakai. 
Pengembangan sekarang ini sudah sampai edisi Kimux 1.02 hydrogen yang merupakan perbaikan dan penambahan aplikasi dari edisi sebelumnya.

Sampai Oktober 2011 ini sudah muncul rilis Live DVD Kimux 1.02 hydrogen, kapasitas 3,6 GB, revisi 1 dari rilis perdana Kimux. Kimux adalah varian distro Ubuntu 11.04 yang khusus mempaket-ulangkan software aplikasi kimia, elearning dan multimedia berbasis linux. Teknik yang digunakan dalam pemaketan ulang adalah remastering menggunakan aplikasi Remastersys. Pada rilis 1.02 ini semakin banyak aplikasi kimia dan multimedia yang ditambahkan, sehingga kapasitasnya mencapai 3,6 GB.

Target pengguna Kimux adalah pemula pengguna linux yang banyak berhubungan dengan ilmu kimia, elearning dan multimedia, baik untuk guru, dosen maupun para peneliti kimia, khususnya kimia komputasi yang membutuhkan software aplikasi kimia legal, non-bajakan. Semoga bisa bermanfaat/digunakan orang lain. Mungkin bisa digunakan untuk pengajaran kimia dan juga pelengkap riset dalam bidang kimia komputasi. Meskipun masih ada ‘bug’ yang sudah terdeteksi, tapi akan diperbaiki pada rilis berikutnya.



Insya Allah awal bulan November 2011 akan rilis edisi baru yaitu Kimux 2.0 helium, berisi lebih dari 50 software kimia yang berasal dari repository Ubuntu 11.10 oneiric ocelot. tetapi setelah saya cari, sampai saat ini belum ada Kimux 2.0 helium (mohon infonya!). Pada perkembangan selanjutnya akan ditambahkan software kimia yang berasal dari luar repository Ubuntu tetapi tetap 'free and open source software (FOSS).


Tampilan awal Blankon-Kimux 1.02 hydrogen, hasil remastering BlankOn Pattimura 7.0, kapasitas 2,9 GB. Sukses diujicoba di virtualbox ose, sukses sebagai LiveUSB Flashdisk dan di-install ke harddisk. Berisi lebih banyak lagi aplikasi software kimia tambahan ...





Remastering Ubuntu 11.04:
1) Kimux 1.0 hydrogen perdana (2,1GB)
2) Kimux 1.01 hydrogen update-1 (2,2GB)
3) Kimux 1.01 hydrogen update-2 (2,7GB)
4) Kimux 1.02 hydrogen (3,6GB)

Remastering Ubuntu 11.10
1) Kimux 2.0 helium

Remastering Blankon Pattimura 7,0
1) Blankon Kimux 1.00 hydrogen (1,3 GB)
2) Blankon Kimux 1.01 hydrogen (1,7 GB)
3) Blankon Kimux 1.02 hydrogen (2,9) GB)

sumber : http://kimux-ubuntu.blogspot.com/, http://teknologi.kompasiana.com




Debian



Debian adalah sistem operasi bebas yang dikembangkan secara terbuka oleh banyak programer sukarela(pengembang Debian) yang tergabung dalam Proyek Debian. Sistem operasi Debian adalah gabungan dari perangkat lunak yang dikembangkan dengan lisensiGNU, dan utamanya menggunakan kernel Linux, sehingga populer dengan nama Debian GNU/Linux. Sistem operasi Debian yang menggunakan kernel Linux merupakan salah satu distro Linux yang populer dengan kestabilannya. Dengan memperhitungkan distro berbasis Debian, seperti Ubuntu, Xubuntu, Knoppix, Mint, dan sebagainya, maka Debian merupakan distro Linux yang paling banyak digunakan di dunia.

Proyek Debian adalah asosiasi dari individu-individu yang telah membuat penyebab umum untuk menciptakan sebuah sistemoperasi bebas. Sistem operasi yang telah kita buat ini disebutDebian GNU / Linux, atau hanya Debian untuk pendek.


Sebuah sistem operasi adalah seperangkat program dasar danutilitas yang membuat menjalankan komputer Anda. Pada inti dari sistem operasi adalah kernel. Kernel adalah program yang paling mendasar pada komputer dan tidak semua rumah dasar dan memungkinkan Anda memulai program lainnya.

Sistem Debian saat ini menggunakan kernel Linux. Linux adalahbagian dari perangkat lunak dimulai oleh Linus Torvalds dandidukung oleh ribuan programer di seluruh dunia.

Namun, pekerjaan yang sedang berlangsung untuk memberikanDebian untuk kernel lainnya, terutama untuk Hurd. Hurd adalah kumpulan dari server yang berjalan di atas sebuah mikrokernel(seperti Mach) untuk mengimplementasikan fitur yang berbeda.Hurd adalah perangkat lunak bebas yang dihasilkan oleh proyek GNU.

Sebagian besar alat-alat dasar yang mengisi sistem operasiberasal dari proyek GNU; maka nama-nama: GNU / Linux dan GNU / Hurd. Alat ini juga gratis.

Tentu saja, hal yang orang inginkan adalah perangkat lunak aplikasi: program untuk membantu mereka mendapatkan apa yang mereka ingin lakukan dilakukan, dari mengedit dokumen untuk menjalankan bisnis untuk bermain game untuk menulislebih banyak perangkat lunak. Debian datang dengan lebih dari29.000 paket (software precompiled yang terbungkus dalam format yang bagus untuk kemudahan instalasi di mesin anda) -semuanya gratis.

Ini sedikit seperti sebuah menara. Pada dasar adalah kernel. Di atas yang semua alat dasar. Berikutnya adalah semua perangkat lunak yang Anda jalankan pada komputer. Di bagian atasmenara adalah Debian - hati-hati mengatur dan pas segala sesuatu sehingga semuanya bekerja bersama-sama.


Persyaratan Hardware
Debian memiliki persyaratan perangkat keras tidak melampaui orang-orang dari kernel Linux dan GNU alat-set (gcc, coreutils,bash, dll). Oleh karena itu, setiap arsitektur atau platform untuk yang paket ini telah porting, dan untuk port Debian ada, dapat menjalankan Debian. Linux, dan Debian, mendukung banyak prosesor atau "multiprocessing simetris". Ini tidak menghambat dukungan untuk sistem prosesor tunggal.
Persyaratan yang direkomendasikan sistem Debian berbeda tergantung pada tingkat instalasi, yang sesuai dengan peningkatan jumlah komponen yang terpasang. 

Sebuah prosesor 1 GHz adalah minimum yang disarankan untuk sistem desktop. Tergantung pada arsitektur, adalah mungkin untuk menginstal Debian dengan sebagai sedikit sebagai 20 MB RAM untuk s390 atau 48 MB RAM untuk i386 dan AMD64. Demikian pula, persyaratan ruang disk, yang tergantung pada paket yang akan diinstal, juga dapat dikurangi. Emdebian (tertanam Debian) meningkatkan instalasi untuk perangkat dengan ruang disk yang minimal, sebagian dengan menghapus dokumentasi dan menginstal hanya terjemahan yang dibutuhkan. Dalam bentuk Grip dan Baked itu adalah biner kompatibel.

Hal ini dimungkinkan untuk menjalankan antarmuka pengguna grafis pada sistem tua atau low-end, tapi direkomendasikanuntuk menginstal window manager bukan lingkungan desktop, yang sumber daya lebih intensif. Sebagai contoh, Lingkungan desktop LXDE dirilis dengan Lenny dan memiliki prosesor jauh lebih rendah dan penggunaan memori dibandingkan dengan GNOME atau KDE Desktop Plasma. Tergantung pada sifat dari RAM, server dan kebutuhan ruang disk dapat sangat bervariasi.








How do I get Debian?
Ini yang paling populer untuk menginstal Debian dari CD yang Anda dapat membeli untuk harga media di salah satu vendor kitabanyak CD. Jika Anda memiliki akses internet yang baik, Anda dapat men-download dan menginstal Debian melalui Internet.

Silakan lihat halaman tentang mendapatkan Debian untuk informasi lebih lanjut. ( our page about getting Debian)

Jika Anda belum, Anda mungkin ingin melihat pertama pada HOWTO Kompatibilitas Hardware Linux. (Linux Hardware Compatibility HOWTO.)

Jangan lupa untuk melihat melalui packages yang  ditawarkan(mudah-mudahan Anda tidak akan terintimidasi oleh banyaknya)

Berikut ini adalah tampilan Debian Linux
 

sumber : http://en.wikipedia.org/wiki/Debian, http://id.wikipedia.org/wiki/Debian, http://www.debian.org/


BlankOn Sajadah










BlankOn Sajadah adalah salah satu racikan (varian) BlankOn Linux yang memuat berbagai perangkat lunak Islami. Paket-paket yang disertakan antara lain pengingat waktu sholat, arah kiblat, Al Qur'an dan terjemah, tartil Qur'an, pembaca hadist dan Kalender Hijriyah. BlankOn Sajadah sudah mengeluarkan 2 versi rilis yaitu BlankOn Sajadah 6.0yang berbasis Ombilin pada tahun 2010 / 1431H dan kali ini merilis BlankOn Sajadah 7.0 yang berbasis BlankOn 7.0 Pattimura





Fitur
BlankOn Sajadah 7.0 Pattimura ini mempunyai fitur dasar yang disertakan dalam BlankOn 7.0 Pattimura edisi regular, Aksara Nusantara, Chromium, Stardict, BlankOn Panel, ditambah dengan Fitur khas Islami seperti:
QiLO - Al Quran di LibreOffice,
Zekr - Al Qur'an terjemah dan suara tartil daring dan luring - online/offline,
Othman Quran dan Noor - Peramban Al Quran
Minbar - Pengingat waktu sholat,
Peramban Internet Chromium
Peramban Internet Firefox
Stellarium - aplikasi melihat tata surya / planetarium dan alat peraga rukyatul hilal,
Dukungan penulisan huruf arab,
DNS Nawala - DNS Penyaring domain berkonten negatif,
Hijra - Kalender Islam,
Monajat - Aplet penampil Doa-doa,
Thawab - Ensiklopedi dan penampil ebook hadis dan kitab,
Hadis-Web 4 - Kumpulan hadis hadis Bukhori, Muslim dll


Tangkapan Layar



Unduh
Untuk bisa mendapatkan cetakan CD BlankOn sajadah silahkan melalui cermin resmi BlankOn Linux, dengan mengikuti tautan berikut: Unduh BlankOn Sajadah.




Cermin-cermin Unduh


Contoh analisa yang dapat dilakukan Hyperchem

Input Struktur dan Manipulasi

1. Mengambar molekul dengan program ini relatif sederhana. Pilih unsur dari tabel periodik, kemudian di click dan ditarik dengan mouse. Dengan mouse kita dapat mengkontrol rotasi di sekitar ikatan, mengatur stereokimia molekul dan mengubah struktur.
2. Dengan mouse-controlled tools kita dapat melakukan seleksi, rotasi dan translasi serta mengubah ukuran struktur. Setting pada menu harus dimodifikasi terlebih dahulu untuk mengontrol operasi dari tools.
3. Untuk mengkonversi struktur 2D menjadi struktur 3D dapat dikerjakan dengan HyperChem’s model builder.
4. Penggunaan constraint terhadap struktur relatif mudah. Kita dapat melakukan constraint terhadap panjang ikatan, sudut ikatan, sudut torsi dan juga terhadap atom yang diinginkan.


Display Molekular (Molecular Display)
· Pilihan rendering : Ball-and-stick, fused CPK spheres dengan pilihan shading and highlighting. Juga vdW dots, cylinders dan overlapping spheres.
· Ribbon rendering untuk protein backbones, dengan pilihan sidechain display.
· 3D Isosurfaces atau 2D contour plots untuk: muatan total, kerapatan muatan, orbital molekul, kerapatan spin, potensial elektrostatik (ESP), ESP dipetakan pada 3D charge density surface.
· Pilihan isosurface rendering: wire mesh, Jorgensen-Salem, transparent dan solid surfaces, Gouraud shaded surface.
· Selama simulasi dapat ditampilkan rerata energi kinetik , energi potensial, energi total dan parameter molekul seperti panjang ikatan, sudut ikatan, dan sudut torsi.
· Animasi mode vibrasi dari spektra IR


Kimia Komputasi

Dengan HyperChem kita dapat mengeksplorasi model  energi permukaan potensial secara klasik atau kuantum dengan single point, optimasi geometri atau perhitungan dalam mencari keadaan transisi. Selain itu kita dapat juga mempelajari pengaruh gerakan termal dengan molecular dynamics, Langevin dynamics atau simulasi Metropolis Monte Carlo.



Jenis Perhitungan
Terdapat beberapa tipe perhitungan, antara lain kalkulasi single point, optimisasi geometri, frekuensi vibrasi, pencarian keadaan transisi, simulasi dinamika molekular, simulasi dinamika Langevin dan simulasi Monte Carlo.
1.   Perhitungan single point dapat digunakan untuk menentukan energi molekul dari struktur yang telah ditentukan (tanpa proses optimasi)
2. Perhitungan optimisasi geometri menggunakan algoritma minimisasi energi untuk mendapatkan struktur paling stabil. Tersedia 5 algoritma minimisasi.
3. Perhitungan frekuensi Vibrational dimaksudkan untuk mencari mode vibrasi normal dari suatu struktur teroptimisasi. Spektrum teroptimisasi dapat ditampilkan dan gerakan vibrasi yang berkaitan dengan transisi spesifik dapat dianimasikan.
4. Pencarian keadaan transisi dilakukan dengan menentukan struktur metastabil yang bersesuaian dengan keadaan transition menggunakan metode Eigenvector Following atau Synchronous Transit. Sifat-sifat molekulernya kemudian dapat dihitung. Dua metode untuk melokasikan keadaan transisi diimplementasikan di dalam HyperChem 5.
a) Metode Eigenvector Following sangat cocok digunakan untuk proses unimolekular atau setiap system molecular yang mode vibrasi naturalnya cenderung menuju ke suatu keadaan transition.
b) Metode Synchronous transit khususnya berguna jika reaktan dan produk sangat berbeda. Terdapat dua metodologi synchronous transit yang diimplementasikan di dalam HyperChem yaitu Linear synchronous Transit (LST) dan Quadratic Synchronous transit (QST).
5. Simulasi Molecular dynamics menghitung trajektori klasik untuk sistem molekular. Waktu pemanasan, keseimbangan dan pendinginan dapat diterapkan dalam simulasi ini dan juga dapat digunakan untuk proses-proses yang bergantung pada perubahan waktu. Simulasi dapat dilakukan pada energi konstan atau temperatur konstan.
6. Langevin dynamics simulations untuk memodelkan efek tumbukan pelarut tanpa memasukkan secara implicit molekul-molekul pelarut.
7. Simulasi Monte Carlo Metropolis berguna untuk mengeksplorasi konfigurasi yang mungkin dari suatu sistem dalam keadaan keseimbangan dan menentukan sifat sistem yang dinyatakan sebagai harga rata-rata untuk sekuruh system yang sudah berada dalam keadaan keseimbangan.


sumber : Harno D Prawono (Kimia Komputasi)

Alternatif Program Windows yang ada di GNU/Linux

blogger-emoticon.blogspot.com
3D Home Architect
Sweet Home 3D (http://sweethome3d.sourceforge.net/index.html)


3D Studio Max
Art of Illusion (http://www.artofillusion.org/)
Blender (http://www.blender.org/)
K-3D (http://www.k-3d.org/)
Wings 3D (http://www.wings3d.com/)


ACDSee
Eye of GNOME (http://www.gnome.org/projects/eog/)
Geeqie (http://geeqie.sourceforge.net/)
GQview (http://gqview.sourceforge.net/)
Gwenview (http://gwenview.sourceforge.net/)
KuickShow (http://kuickshow.sourceforge.net/)
ShowImg (http://www.jalix.org/projects/showimg/)


Adobe Acrobat Reader
ePDFView (http://trac.emma-soft.com/epdfview/)
Evince (http://www.gnome.org/projects/evince/)
okular (http://okular.kde.org/)
Xpdf (http://www.foolabs.com/xpdf/)


Adobe Audition
Audacity (http://audacity.sourceforge.net/)


Adobe Illustrator
Inkscape (http://www.inkscape.org/)
Karbon14 (http://www.koffice.org/karbon/)
sK1 Project (http://ww.sk1project.org/)
Skencil (http://www.skencil.org/)
Xara Xtreme for Linux (http://www.xaraxtreme.org/)


Adobe Lightroom
Darktable (http://darktable.sourceforge.net/)


Adobe PageMaker
Scribus (http://www.scribus.net/)


Adobe Photoshop
CinePaint (http://www.cinepaint.org/)
GIMP (http://www.gimp.org/)
Krita (http://www.koffice.org/krita/)


Ant Movie Catalog
Moviefly (https://savannah.nongnu.org/projects/lmc/)


AOL Instant Messenger (AIM)
Instantbird (http://instantbird.com/)
Kopete (http://kopete.kde.org/)
Pidgin (http://pidgin.im)
PSI (http://psi-im.org/)


APC PowerChute
Apcupsd (http://www.apcupsd.com/)
Network UPS Tools (http://www.networkupstools.org/)
PowerD (http://power.sourceforge.net/)


Collectorz
Alexandria (http://alexandria.rubyforge.org/)
aviManager (http://avimanager.sourceforge.net/)
GCstar (http://www.gcstar.org/)
Griffith (http://griffith.cc/)
Katalog (http://salvaste.altervista.org/)
Tellico (http://tellico-project.org/)
vMovieDB (http://vmoviedb.sourceforge.net/)


DAMN NFO Viewer
NFO Viewer (http://home.gna.org/nfoview/)


Dreamweaver
Bluefish (http://bluefish.openoffice.nl/index.html)
BlueGriffon (http://bluegriffon.org/)
Geany (http://geany.uvena.de)
KompoZer (http://www.kompozer.net/)
Nvu (http://www.nvu.com/)
Quanta Plus (http://quanta.kdewebdev.org/)
Screem (http://www.screem.org/)


DVDShrink
AcidRip (http://untrepid.com/acidrip/)
dvd::rip (http://www.exit1.org/dvdrip/)
k9copy (http://k9copy.sourceforge.net/)
OGMRip (http://ogmrip.sourceforge.net/)
qVamps (http://vamps.sourceforge.net/)
Thoggen (http://thoggen.net/)
xdvdshrink (http://dvdshrink.sourceforge.net/)


Everest
HardInfo (http://hardinfo.berlios.de/web/HomePage)


Evernote
BasKet (http://basket.kde.org/)
Chandler (http://chandlerproject.org/)
QuickFox Notes (https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/13572/)
Tomboy (http://live.gnome.org/Tomboy/)
Zim (http://zim-wiki.org/)


Finale
Brahms (http://brahms.sourceforge.net/)
Denemo (http://denemo.sourceforge.net/index.html)
Lilypond (http://www.lilypond.org)
MuseScore (http://musescore.org/)
NoteEdit (http://noteedit.berlios.de/)
Rosegarden (http://www.rosegardenmusic.com/)


FL Studio
Ardour (http://www.ardour.org)
Jokosher (http://www.jokosher.org/)
LMMS (http://lmms.sourceforge.net/)


Fontographer
FontForge (http://fontforge.sourceforge.net/)


foobar2000
Amarok (http://amarok.kde.org/)
Aqualung (http://aqualung.factorial.hu/misc.html)
aTunes (http://www.atunes.org/)
Banshee (http://banshee-project.org/Main_Page)
Decibel Auto Player (http://decibel.silent-blade.org/)
Exaile (http://www.exaile.org/)
gtkpod (http://www.gtkpod.org/)
Listen (http://listengnome.free.fr/)
minitunes (http://flavio.tordini.org/minitunes)
Quod Libet (http://www.sacredchao.net/quodlibet)
Rhythmbox (http://www.gnome.org/projects/rhythmbox/)


Forte Agent
Pan (http://pan.rebelbase.com/)


Fraps
recordMyDesktop (http://recordmydesktop.sourceforge.net/)
Yukon (https://github.com/wereHamster/yukon/)


FreeRIP
Grip (http://nostatic.org/grip/)
KAudioCreator (http://www.icefox.net/programs/?program=KAudioCreator)
ripperX (http://ripperx.sourceforge.net/)
Rubyripper (http://wiki.hydrogenaudio.org/index.php?title=Rubyripper)
Sound Juicer (http://www.burtonini.com/blog/computers/sound-juicer)


FruityLoops
Hydrogen (http://www.hydrogen-music.org/)


Google Desktop Search
Beagle (http://beagle-project.org/)
Google Desktop (http://desktop.google.com/linux/index.html)


Google Earth
Earth 3D (http://www.earth3d.org/)
Marble (http://edu.kde.org/marble/)


Guitar Pro
DGuitar (http://dguitar.sourceforge.net/)
kguitar (http://sourceforge.net/projects/kguitar/)
TuxGuitar (http://www.tuxguitar.com.ar/home.html)


Legacy Family Tree
GRAMPS (http://gramps-project.org/)


LimeWire
FrostWire (http://www.frostwire.com/)


Meal Master
Gourmet Recipe Manager (http://grecipe-manager.sourceforge.net/)
krecipe (http://krecipes.sourceforge.net/)


Microsoft Access
GNOME-DB (http://www.gnome-db.org/)
Kexi (http://www.koffice.org/kexi/)
knoda (http://www.knoda.org)


Microsoft Excel
Gnumeric (http://www.gnome.org/projects/gnumeric/)
KSpread (http://www.koffice.org/kspread/)
Open Calc (http://www.openoffice.org/product/calc.html)


Microsoft HyperTerminal
GtkTerm (http://freshmeat.net/projects/gtkterm/)
minicom (http://alioth.debian.org/projects/minicom/)


Microsoft Internet Explorer
Epiphany (http://www.gnome.org/projects/epiphany/)
Firefox (http://www.mozilla.com/firefox/)
Konqueror (http://www.konqueror.org/)
Opera (http://www.opera.com/download/)


Microsoft Money
Gnofin (http://gnofin.sourceforge.net/)
GNUcash (http://www.gnucash.org/)
Grisbi (http://www.grisbi.org/)
HomeBank (http://homebank.free.fr/)
KMyMoney (http://kmymoney2.sourceforge.net/)
Skrooge (http://skrooge.org/)


Microsoft Office
GNOME Office (http://www.gnome.org/gnome-office/)
KOffice (http://www.koffice.org/)
OpenOffice (http://www.openoffice.org/)


Microsoft Outlook (Express)
Evolution (http://www.gnome.org/projects/evolution/)
Thunderbird (http://www.mozilla.com/thunderbird/)


Microsoft Powerpoint
EASE Presentation Editor (http://www.ease-project.org/index.html)
KPresenter (http://www.koffice.org/kpresenter/)
Open Office Impress (http://www.openoffice.org/product/impress.html)


Microsoft Project
GanttProject (http://ganttproject.sourceforge.net/)
KPlato (http://www.koffice.org/kplato/)
OpenProj (http://openproj.org/openproj)
Planner (http://live.gnome.org/Planner)
TaskJuggler (http://www.taskjuggler.org/)


Microsoft Visio
Dia (http://www.gnome.org/projects/dia/)
Kivio (http://www.koffice.org/kivio/)


Microsoft Windows Media Center
Boxee (http://www.boxee.tv/)
Freevo (http://freevo.sourceforge.net/)
LinuxMCE (http://www.linuxmce.com/)
Moovida (http://www.moovida.com)
MythTV (http://www.mythtv.org)
XBMC Media Center (http://xbmc.org/)


Microsoft Word
AbiWord (http://www.abisource.com/)
Kword (http://www.koffice.org/kword/)
Open Office Writer (http://www.openoffice.org/product/writer.html)


mIRC
BitchX (http://www.bitchx.org/)
ChatZilla! (http://chatzilla.hacksrus.com/)
irssi (http://www.irssi.org/)
Konversation (http://konversation.kde.org/)
KVIrc (http://www.kvirc.net/)
Pidgin (http://pidgin.im)
Xchat (http://www.xchat.org/)


Mp3tag
Audio Tag Tool (http://pwp.netcabo.pt/paol/tagtool/)
Cowbell (http://more-cowbell.org/)
EasyTAG (http://easytag.sourceforge.net/)
Kid3 (http://kid3.sourceforge.net/)
Pinkytagger (http://pinkytagger.sourceforge.net/)


MS Paint
KolourPaint (http://kolourpaint.sourceforge.net/)
Pencil (http://www.pencil-animation.org/)
Pinta (http://pinta-project.com/)
TuxPaint (http://tuxpaint.org/)


MSN messenger
aMSN (http://amsn-project.net/)
Kopete (http://kopete.kde.org/)
Mercury Messenger (http://www.mercury.to/)
Pidgin (http://pidgin.im)


Mudbox
SharpConstruct (http://sourceforge.net/projects/sharp3d/)


Nero Burning Rom
Brasero (http://perso.orange.fr/bonfire/index.htm)
GnomeBaker (http://gnomebaker.sourceforge.net/)
Graveman! (http://graveman.tuxfamily.org/)
K3b (http://www.k3b.org/)
X-CD-Roast (http://www.xcdroast.org/)


NetMeeting
Ekiga (http://www.gnomemeeting.org/)


NetStumbler
Kismet (http://www.kismetwireless.net/)
SWScanner (http://www.swscanner.org/)


NewzCrawler
Akregator (http://akregator.kde.org/)
BasKet (http://basket.kde.org/)
Blam (http://www.cmartin.tk/blam.html)
Liferea (http://liferea.sourceforge.net/)
RSSOwl (http://www.rssowl.org/)
Straw (http://www.gnome.org/projects/straw/)


Notepad
gedit (http://www.gnome.org/projects/gedit/)
jEdit (http://www.jedit.org/)
Kate (http://kate-editor.org/)
leafpad (http://tarot.freeshell.org/leafpad/)
NEdit (http://www.nedit.org/)
Scribes (http://scribes.sourceforge.net/)
tpad (http://tclpad.sourceforge.net/)


OrangeCD Catalog
GWhere (http://www.gwhere.org)


Origin
SciGraphica (http://scigraphica.sourceforge.net/)


Partition Magic
GParted (http://gparted.sourceforge.net/)
Palimpsest (http://library.gnome.org/users/palimpsest/)
Partimage (http://www.partimage.org/Main_Page)
QtParted (http://qtparted.sourceforge.net)


PhotoME
FotoTagger (http://sourceforge.net/projects/fototagger/)


Picasa
digiKam (http://www.digikam.org/)
F-Spot (http://f-spot.org/Main_Page)
flPhoto (http://www.easysw.com/~mike/flphoto/)
gThumb (http://live.gnome.org/gthumb/)
jBrout (http://jbrout.manatlan.com/)
KPhotoAlbum (http://www.kphotoalbum.org/)
Shotwell (http://www.yorba.org/shotwell/)


SoulSeek
Nicotine (http://nicotine.thegraveyard.org/)
Nicotine-Plus (http://nicotine-plus.sourceforge.net/)


SoundForge
ReZound (http://rezound.sourceforge.net/)


Total Commander
GNOME Commander (http://www.nongnu.org/gcmd/)
Krusader (http://krusader.sourceforge.net/)
Midnight Commander (http://www.ibiblio.org/mc/)
Tux Commander (http://tuxcmd.sourceforge.net/)
xfe (http://roland65.free.fr/xfe/)


Traktor DJ
Mixxx (http://mixxx.sourceforge.net/)
terminatorX (http://www.terminatorx.org/)


TweetDeck
Choqok (http://choqok.gnufolks.org/)
Gwibber (http://gwibber.com/)
Pino (http://pino-app.appspot.com/)


uTorrent
qBittorrent (http://qbittorrent.sourceforge.net/)
Transmission (http://www.transmissionbt.com/)


Videora
thin liquid film (http://thinliquidfilm.org/)


Winamp
Amarok (http://amarok.kde.org/)
Audacious (http://audacious-media-player.org/Main_Page)
XMMS (http://www.xmms.org/)


Windows Media Player
KPlayer (http://kplayer.sourceforge.net/)
mplayer (http://www.mplayerhq.hu/design7/news.html)
VLC Player (http://www.videolan.org/vlc/)
xine (http://xinehq.de/)


Windows Movie Maker
cinefx (http://www.cinefx.org/)
Cinelerra (http://cvs.cinelerra.org/)
Kdenlive (http://kdenlive.sourceforge.net/)
Kino (http://www.kinodv.org/)
LiVES (http://lives.sourceforge.net/)
Lombard (http://yorba.org/lombard/)
Open Movie Editor (http://www.openmovieeditor.org/)
OpenShot (http://www.openshotvideo.com/)
PiTiVi (http://www.pitivi.org/wiki/Main_Page)
VideoLAN Movie Creator (http://trac.videolan.org/vlmc/)


WinIso
KIso (http://kiso.sourceforge.net/)


WinMerge
KDiff3 (http://kdiff3.sourceforge.net/)
Kile (http://kile.sourceforge.net/)
Meld (http://meld.sourceforge.net/)
xxdiff (http://furius.ca/xxdiff/)


WinTV
KWinTV (http://www.kwintv.org/)
tvtime (http://tvtime.sourceforge.net/)
xawtv (http://linux.bytesex.org/xawtv/)
XdTV (http://xawdecode.sourceforge.net/)
Zapping (http://zapping.sourceforge.net/Zapping/index.html)


WS_FTP
FireFTP (http://fireftp.mozdev.org/)
gFTP (http://gftp.seul.org/)


ZoneAlarm
Firestarter (http://www.fs-security.com/)
Guarddog (http://www.simonzone.com/software/guarddog/)


Zscreen
Shutter (http://shutter-project.org/)


Monggo silakan jika ada tambahan.













sumber : http://frijal.com/alternatif-program-windows-yang-ada-di-gnulinux/ dan http://serambi.blankonlinux.or.id/

jurnal kimkom

Makalah Seminar Nasional Kimia XII, Jurusan Kimia FMIPA UGM
Yogyakarta, 21 Juni 2003
ANALISIS HUBUNGAN KUANTITATIF ANTARA STRUKTUR DAN
AKTIVITAS FUNGISIDA TURUNAN 1,2,4-THIADIAZOLIN
BERDASARKAN PARAMETER MOLEKULAR HASIL PERHITUNGAN
METODA PM3
Ida Puji Astuti Maryono Putri, Mudasir, Iqmal Tahir
Austrian Indonesian Centre for Computational Chemistry
Jurusan Kimia, FMIPA Universitas Gadjah Mada Yogyakarta
INTISARI
Telah dilakukan analisis Hubungan Kuantitatif antara Struktur dan Aktivitas
(HKSA) fungisida dari satu seri senyawa turunan 1,2,4-thiadiazolin dengan
didasarkan pada perhitungan sifat fisik kimia senyawa. Sifat fisikokimia dikompilasi
dari hasil perhitungan menggunakan pemodelan molekul metoda semiempirik PM3
sedangkan aktivitas senyawa dinyatakan sebagai nilai logaritmik konsentrasi efektif
sebesar 50 % (pEC50) dan merupakan data sekunder yang diperoleh dari literatur.
Analisis hubungan antara aktivitas fungisida dan sifat fisikokimia dilakukan
berdasarkan hubungan regresi multilinear dan dijalankan dengan program SPSS.
Hasil analisis HKSA memberikan model hubungan terbaik sebagai berikut:
pEC50 = -11,288 – 3,027 EHOMO + (5,938.10-4) ET + (7,432.10-3) Eb –
(9,81.10-5) Ee – 3,143 log P – 1,622 α - 0,526 GLOB + 0,714 MR +
3,665 log Koc
n=19 m=9 r=0,878 r2=0,770 SE=0,272 Fhitung/Ftabel=1,054 PRESS=0,703
Kata kunci : QSAR, fungisida, thiadiazolin
PENDAHULUAN
Pada pengembangan senyawa baru secara laboratorium ada beberapa langkah
eksperimen yang perlu dilakukan seperti: desain, sintesis, identifikasi, purifikasi dan
uji aktivitas. Kelemahan strategi ini adalah jika semua tahapan tersebut telah
dikerjakan, namun hasil yang diperoleh (senyawa yang diteliti) ternyata mempunyai
aktivitas yang tidak lebih baik dari senyawa-senyawa yang telah ada, sehingga waktu,
biaya dan tenaga yang telah dikeluarkan akan terbuang percuma. Sebagai solusi dari
masalah di atas adalah pengujian aktivitas senyawa yang akan disintesis dengan
pemodelan molekul menggunakan komputer. Dengan komputer terlebih dahulu dapat
dicari hubungan antara struktur, baik elektronik maupun geometri dari satu ataupun
sekelompok molekul yang telah dicurigai mempunyai aktivitas tertentu. Berdasarkan
2
model persamaan yang diperoleh dapat diprediksi pusat aktif (bagian dari
molekul/senyawa yang memberi sumbangan paling besar terhadap efek aktivitas),
sehingga desain molekul senyawa baru dengan aktivitas lebih tinggi dapat
dikonsentrasikan pada modifikasi pusat aktif tersebut (Richon dan Young, 1997). Hal
ini dapat membantu mengurangi kegagalan riset eksperimen serta dapat
mengefisiensikan tenaga dan biaya.
Hubungan antara struktur suatu senyawa dengan aktivitas biologisnya dapat
dinyatakan secara matematis, sehingga sering disebut Hubungan Kuantitatif
Struktur-Aktivitas (HKSA) atau Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR).
Asumsi mendasar dari QSAR adalah bahwa terdapat hubungan kuantitatif antara sifat
mikroskopis (struktur molekul dan sifat makroskopis/empiris (aktivitas biologis) dari
suatu molekul (Lee et al, 1996).
Riset tentang sintesis dan aplikasi bahan-bahan kimia baru perlu
dikembangkan dalam rangka diversifikasi produk dan membantu menjawab
permasalahan yang dihadapi pada aktivitas manusia. Contoh pada bidang pertanian
adalah diperlukannya riset tentang senyawa-senyawa yang dapat berkhasiat sebagai
insektisida, fungisida dan herbisida. Salah satu senyawa yang dapat berperan sebagai
fungisida adalah 1,2,4-thiadiazolin (Gambar 1) dan turunannya, yang telah diteliti
oleh Nakayama et al (1995). Senyawa ini mempunyai aktivitas fungisida pada jamur
yang menyerang tanaman mentimun. Analisis QSAR pada turunan senyawa ini telah
pula dilakukan oleh Hanum (2003) dengan menggunakan parameter elektronik.
Untuk melengkapi hasil penelitian yang telah diperoleh perlu dicobakan analisis
QSAR/HKSA senyawa tersebut menggunakan parameter lain, dimana dalam
penelitian ini digunakan parameter molekular.
Gambar 1. Struktur fungisida turunan 1,2,4-thiadiazolin
N
S
N
H3C N
X
Y
3
Untuk memperoleh hubungan antara struktur dan aktivitas yang signifikan,
pemilihan deskriptor / variabel yang akan diikutkan dalam persamaan model
merupakan langkah yang sangat menentukan (Kubinyi, 1993). Deskriptor
digolongkan menjadi deskriptor empirik dan deskriptor teoritik. Deskriptor empirik
diperoleh dari hasil percobaan eksperimental atau perhitungan yang menggunakan
parameter empirik, sedangkan deskriptor teoritik diperoleh dari perhitungan
komputasional (pemodelan molekul) yang diturunkan dari kimia teori (Lee et al,
1996). Deskriptor kimia kuantum dapat dipandang sebagai deskriptor teoritik dan
diperoleh dari perhitungan berdasarkan hukum mekanika kuantum terhadap struktur
molekul. Metode kimia kuantum dan teknik permodelan molekul memungkinkan
untuk karakterisasi sifat struktural molekul. Keuntungan yang dapat diambil dari
penggunaan deskriptor kimia kuantum dalam studi QSAR adalah: (i) senyawa beserta
substituen atau fragmennya dapat dikarakterisasi secara langsung hanya berdasar
pada struktur molekulnya, dan (ii) dapat memperkirakan mekanisme aksi dari
senyawa yang dipelajari (Karelson et al, 1996). Pada penelitian ini dilakukan analisis
QSAR pada senyawa turunan 1,2,4-thiadiazolin dengan menggunakan parameter
molekuler. Penelitian ini didasarkan pada perhitungan 13 macam parameter yang
diperoleh dari perhitungan orbital molekul, HC-QSAR yang ada pada program
Hyperchem, dan Toolkit for Estimating Physicochemical Properties of Organic
Compounds (TEPPOC).
METODE PENELITIAN
Bahan penelitian
Pada penelitian ini digunakan data aktivitas fungisida (pEC50) dari 1,2,4-
thiadiazolin dengan 19 variasi substituen, yang diberikan pada Tabel 1 (Nakayama et
al, 1995). Aktivitas dinyatakan dalam nilai pEC50 yakni –log(EC50) dengan EC50
adalah konsentrasi efektif 50 %. Seri senyawa 1,2,4-thiadiazolin yang dianalisis
mempunyai struktur sebagaimana terlihat pada Gambar 2.
Alat penelitian
Seperangkat komputer dengan spesifikasi : sistem operasi Microsoft Window
98, komputer processor Pentium IV; RAM 128,0 MB dengan perangkat lunak kimia
4
komputasi HyperChem for Windows versi 6,0; perangkat lunak statistika SPSS for
Windows versi 10.0; dan perangkat lunak Toolkit for Estimating Physicochemical
Properties of Organic Compounds (TEPPOC) versi 1.0. Berbagai senyawa fungisida
turunan 1,2,4-thiadiazolin dan data aktivitas senyawa (pEC50) ditunjukkan pada Tabel
1.
N
S
N
H3C N
1
6
5
4
3
2
Y
Cl
Gambar 2. Sistem penomoran senyawa turunan 1,2,4-thiadiazolin.
Tabel 1. Data aktivitas senyawa fungisida 1,2,4-thiadiazolin (Nakayama et al, 1995)
No Substituen Y pEC50
1 4-Me 4,54
2 4-Cl 4,67
3 H 4,11
4 2-Cl 4,50
5 3-Cl 4,11
6 3-Me 4,08
7 4-F 4,16
8 4-Br 4,50
9 4CF3 3,49
10 4-OMe 4,48
11 4-NMe2 3,39
12 4-Et 4,18
13 4-Pr 3,16
14 4-iPr 4,39
15 4-Bu 4,07
16 3-Cl, 4-Cl 4,18
17 2-Me, 3-Me 4,12
18 3-Me, 4-Me 4,40
19 3-Me, 5-Me 4,10
5
Prosedur Penelitian
Kompilasi deskriptor elektronik
Deskriptor elektronik dikompilasi setelah dilakukan perhitungan struktur
dengan metoda semeimepirik PM3. Untuk setiap senyawa dibuat struktur 2 dimensi
dengan menggunakan program Hyperchem. Kemudian dilakukan penambahan atom
H dan pembentukan struktur 3 dimensi. Struktur yang terbentuk dioptimasi geometri
menggunakan metode semiempiris PM3 menggunakan algoritma Polak–Ribiere
dengan gradien 0,001 kkal/Å.mol dan batas iterasi maksimum 32767 kali. Optimasi
merupakan suatu metode untuk menghitung dan menampilkan struktur molekul
dengan energi potensial minimum dan gaya-gaya atomik terkecil dan diharapkan
merupakan representasi struktur molekul yang diadopsi senyawa tersebut di alam.
Senyawa yang telah dioptimasi secara geometris menggunakan metode PM3
kemudian dilakukan perhitungan single point yang disertai dengan perekaman untuk
mencatat energi-energinya. Data yang diperoleh dari prhitungan ini adalah energi
total (ET), energi ikat (Eb), energi elektronik (Ee), panas pembentukan (ΔHf) dan
momen dwikutub (μ).
Kompilasi deskriptor molekular dengan HC-QSAR
Beberapa deskriptor molekular dapat diperoleh dari HC-QSAR meliputi :
parameter hidrofobisitas atau koefisien partisi senyawa dalam pelarut oktanol/air (log
P), polarisabilitas (α), refraktivitas molar (MR), luas permukaan (grid) (SA) dan
volume molekular (V). Untuk perhitungan sifat molekul tersebut diperoleh dari
QSAR properties pada program Hyperchem. Parameter globularitas (GLOB) dihitung
sebagai perbandingan antara V dan SA
Kompilasi deskriptor molekular dengan TEPPOC
Untuk parameter lain yaitu log Koc (Koefisien partisi tanah/air) dan log SW
(kelarutan senyawa dalam air) diperoleh dari program TEPPOC. Pada perhitungan
menggunakan program ini langkah awal yang perlu dilakukan adalah membuat kode
SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) dari senyawa-senyawanya.
6
Setelah itu dilakukan konversi kode-kode SMILES tersebut ke dalam struktur 3-
dimensi dan dilakukan estimasi untuk memperoleh parameter log Koc dan log SW.
Analisis QSAR
Analisis regresi multilinear pada penelitian QSAR ini dilakukan dengan
program SPSS Windows dengan prosedur analisis regresi multilinear metode
backward. Variabel yang digunakan meliputi dua jenis variabel yaitu variabel tidak
bebas (pEC50) dan variabel bebas (lihat Tabel 2) yaitu: ELUMO, EHOMO, Et, Eb, Ee,
ΔHf, log P, α, μ, GLOB, MR, log Koc, dan log SW. Pemilihan model persamaan
terbaik dilakukan dengan mempertimbangkan parameter statistik r, r2, SE, F dan
PRESS (Predicted Residual Sum of Squares). Model persamaan terbaik yang
diperoleh digunakan untuk memprediksi harga aktivitas teoritis setiap senyawa.
Tabel 2 Daftar deskriptor yang digunakan dalam analisis QSAR
Simbol Satuan Definisi
E HOMO kkal/mol Tingkat energi orbital molekul tertinggi yang terisi elektron
E LUMO kkal/mol Tingkat energi orbital molekul terendah yang tidak terisi elektron
ET kkal/mol Energi total sistem molekul
Eb kkal/mol Energi ikat total
Ee kkal/mol Energi elektronik
ΔHf kkal/mol Panas pembentukan
log P -- Koefisien partisi n-oktanol/air
α Å3 Polarisabilitas molekular
μ Debye Momen dwikutub
GLOB Å Globularitas, rasio antara volume molekul dan luas permukaan
MR Å3 Refraktivitas molar
log Koc -- Koefisien partisi tanah/air
log SW -- Kelarutan dalam air
HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN
Rekapitulasi deskriptor
Pada bagian ini disajikan terlebih dahulu semua deskriptor molekular secara
lengkap yang telah diperoleh dari perhitungan, meliputi kompilasi deskriptor hasil
perhitungan PM3 dari HyperChem, perhitungan HC-QSAR dan dari TEPPOC. Hasil
selengkapnya disajikan dalam Tabel 3.
Makalah Seminar Nasional Kimia XII, Jurusan Kimia FMIPA UGM
Yogyakarta, 21 Juni 2003
Tabel 3. Hasil perhitungan deskriptor molekular senyawa turunan 1,2,4-thiadiazolin
No ELUMO EHOMO ET Eb Ee ΔHf Log P α μ GLOB MR log Koc log SW
1 -0,4734 -95,271 -71480 -3815 -486868 83,428 5,76 34,8 2,60 1,641 89,3 58,565 -5,252
2 -0,5154 -95,933 -74978 -3513 -487874 86,755 5,81 34,9 3,26 1,654 89,1 58,565 -5,464
3 -0,4718 -95,417 -68027 -3530 -449574 93,397 5,29 33,0 2,75 2,494 84,3 56,478 -4,711
4 -0,7296 -94,185 -74977 -3512 -494731 87,855 5,81 34,9 3,18 1,655 89,1 58,654 -5,464
5 -0,5143 -96,088 -74978 -3513 -488868 86,955 5,81 34,9 3,60 1,637 89,1 58,565 -5,464
6 -0,3946 -94,795 -71479 -3814 -487957 84,004 5,76 34,8 2,52 1,645 89,3 58,565 -5,252
7 -0,5127 -95,995 -77825 -3540 -492512 49,931 5,43 32,9 3,71 1,640 84,5 58,565 -5,421
8 -0,5453 -96,277 -75822 -3496 -487650 101,254 6,08 35,6 3,52 1,636 91,9 58,565 -5,754
9 -0,7418 -99,499 -100893 -3863 -631361 -65,064 6,17 34,5 5,46 1,650 90,2 64,985 -6,755
10 -0,3847 -93,624 -78240 -3902 -530919 55,140 5,04 35,4 3,37 1,660 90,7 54,987 -4,807
11 -0,3181 -90,409 -79018 -4249 -569102 89,439 5,55 38,0 2,06 1,516 98,7 53,142 -4,596
12 -0,4688 -95,201 -74927 -4094 -525931 79,169 6,15 36,6 2,65 1,672 93,9 61,417 -5,772
13 -0,3863 -94,714 -78376 -4374 -563509 74,028 6,55 38,5 2,67 1,654 98,5 64,067 -6,292
14 -0,3871 -94,895 -78375 -4374 -568317 74,486 6,48 38,5 2,68 1,659 98,5 63,392 -5,975
15 -0,3858 -94,706 -81824 -4655 -601683 68,578 6,94 40,3 2,68 1,702 103,0 66,717 -6,812
16 -0,5949 -96,219 -81927 -3495 -530825 81,481 6,32 36,8 3,93 1,667 93,9 60,742 -6,217
17 -0,4557 -93,215 -74929 -4096 -535399 77,163 6,22 36,6 2,44 1,666 94,4 60,831 -5,793
18 -0,3731 -93,940 -74931 -4098 -528737 75,304 6,22 36,6 2,46 1,657 94,4 60,742 -5,793
19 -0,4598 -94,300 -74932 -4098 -530492 74,705 6,22 36,6 2,74 1,648 94,4 60,742 -5,793
Tabel 5. Model persamaan regresi dengan deskriptor terpilih untuk setiap kombinasi
Model Konst ELUMO EHOMO ET/10-04 Eb/10-03 Ee/10-05 ΔHf/10-02 Log P α μ GLOB MR Log Koc Log S/W α μ
1 -14,956 -0,693 -2,739 4,827 8,070 -6,400 -2,511 -3,514 -1,168 -0,678 -0,435 0,770 4,338 0,299 -1,168 -0,678
2 -16,654 -0,753 -3,210 5,101 8,110 -7,194 -2,160 -3,645 -1,203 -0,734 -0,443 0,749 3,921 -1,203 -0,734
3 -17,986 -3,279 5,603 9,371 -8,380 -1,853 -4,274 -1,573 -0,798 -0,490 0,905 4,979 -1,573 -0,798
4 -24,131 -3,927 6,101 9,633 -1,060 -4,755 -2,073 -0,702 -0,640 0,996 5,698 -2,073 -0,702
5 -11,288 -3,027 5,938 7,432 -9,808 -3,143 -1,622 -0,526 0,714 3,665 -1,622
6 -7,338 -2,392 5,019 6,414 -8,434 -2,517 -1,335 0,579 2,959 -1,335
7 -0,561 -2,318 3,723 3,930 -6,912 -0,527 -0,219 0,241 -0,219
8 -1,787 -2,552 3,797 3,894 -7,058 -0,399 -0,237 -0,237
8
9 6,350 -1,582 3,235 3,406 -6,074 -0,303 -0,303
Makalah Seminar Nasional Kimia XII, Jurusan Kimia FMIPA UGM
Yogyakarta, 21 Juni 2003
Tabel 4. Beberapa model persamaan QSAR yang memenuhi parameter statistik
Model Parameter n m r r2 SE
Fhitung
/Ftabel
1 log SW, GLOB, ELUMO, ΔHf, EHOMO, MR, μ,
Eb, log P, ET, log Koc, α, Ee 19 13 0,905 0,819 0,324 0,375
2 GLOB, ELUMO, ΔHf, EHOMO, MR, μ, Eb, log P,
ET, log KOC, α, Ee 19 12 0,905 0,819 0,296 0,566
3 GLOB, ΔHf, EHOMO, MR, μ, Eb, log P, ET, log
Koc, α, Ee 19 11 0,902 0,814 0,278 0,773
4 GLOB, EHOMO, MR, μ, Eb, log P, ET, log Koc,
α, Ee 19 10 0,893 0,797 0,271 0,941
5 GLOB, EHOMO, MR, Eb, log P, ET, log Koc, α,
Ee 19 9 0,878 0,770 0,272 1,054
6 EHOMO, MR, Eb, log P, ET, log Koc, α, Ee 19 8 0,854 0,730 0,280 1,100
7 EHOMO, Eb, log P, ET, log Koc, α, Ee 19 7 0,837 0,701 0,281 1,224
8 EHOMO, Eb, log P, ET, α, Ee 19 6 0,836 0,700 0,270 1,554
9 EHOMO, Eb, ET, α, Ee 19 5 0,818 0,669 0,272 1,738
n=jumlah data; m=jumlah variabel yang masuk dalam persamaan; r=koefisien korelasi; r2=koefisien
determinasi; SE=standar error; F=kriteria Fisher hasil analisis ANOVA
Data hasil perhitungan sifat fisik pada tabel 3 memberikan gambaran bahwa
senyawa-senyawa turunan 1,2,4-thiadiazolin memiliki harga log Koc dan Log SW
yang berdekatan. Ini berarti bahwa senyawa turunan 1,2,4-thiadiazolin memiliki
kadar kesetimbangan dalam fasa air dan fasa tanah yang hampir sama. Senyawasenyawa
ini juga memiliki sifat kelarutan dalam air yang hampir sama.
Untuk menentukan variabel-variabel bebas yang akan dipilih dalam
pembentukan model persamaan QSAR dipergunakan analisis multilinear.
Sardjoko (1993) melaporkan jumlah parameter sebagai parameter bebas dapat
dikurangi atau ditambah. Jumlah variabel bebas yang dianalisis dalam penelitian ini
berjumlah 13 parameter. Untuk keperluan tersebut digunakan perangkat lunak SPSS
windows versi 10,0 dengan metode backward untuk mendapatkan persamaan terbaik.
Setelah dicoba berbagai model kombinasi QSAR maka diperoleh beberapa
persamaan yang secara statistik cukup baik. Pemilihan model persamaan QSAR
terbaik dilihat dengan menggunakan parameter statistik r, r2, PRESS, SE (standard
error) dan juga rasio Fhitung dengan Ftabel.
Pada tabel 4 dan 5 terlihat bahwa tidak semua model persamaan QSAR yang
diperoleh signifikan pada tingkat kepercayaan 95%. Hal ini terlihat dari harga rasio
10
Fhitung/Ftabel yang kurang dari 1. Model yang tidak signifikan terjadi pada model
persamaan 1- 4.
Secara statistik model persamaan dengan rasio Fhitung/Ftabel kurang dari 1 tidak
dapat diterima. Jika Fhitung lebih kecil dibandingkan dari Ftabel maka daerah hipotesis
(H0) yang menyatakan tidak adanya signifikansi statistik dalam persamaan regresi
yang berkaitan dengan jumlah variabel yang digunakan diterima, yang berarti
persamaan regresi tidak signifikan.
Parameter r, r2, SE dan F meskipun secara statistik telah mencukupi tetapi
belum dapat memberikan gambaran yang riil tentang kemampuan prediksi dari model
persamaan yang dihasilkan. Untuk melihat kemampuan prediksi dari model
persamaan yang dihasilkan dapat digunakan parameter statistik yang lain yaitu
PRESS. PRESS itu sendiri dapat didefinisikan sebagai kuadrat dari selisih antara
aktivitas eksperimen dengan aktivitas prediksi dengan menggunakan model
persamaan terkait. Semakin kecil nilai PRESS berarti selisih antara aktivitas
eksperimen dan aktivitas prediksi semakin kecil, ini berarti bahwa kemampuan model
persamaan tersebut untuk memprediksikan nilai aktivitas akan semakin bagus. Harga
aktivitas fungisida prediksi seri senyawa 1,2,4-thiadiazolin (pEC50) yang dihitung
berdasarkan model-model persamaan yang telah diketahui signifikan pada tingkat
kepercayaan 95% diberikan pada tabel 6.
Jika hanya melihat data parameter statistik r dan r2, maka model persamaan 1
dan 2 merupakan persamaan terbaik karena memiliki harga r dan r2 yang paling besar.
Kedua model persamaan ini ternyata memiliki nilai r dan r2 yang sama yaitu sebesar
r=0,905 dan r2=0,819. Namun demikian, model persamaan ini tidak dapat digunakan
sebagai model persamaan terbaik karena dari parameter statistik Fhitung/Ftabel untuk
keduanya memiliki harga kurang dari 1.
SE dari model-model persamaan yang dihasilkan juga mempunyai harga yang
relatif tidak jauh berbeda, yaitu berkisar antara 0,26-0,32. Namun demikian, harga
PRESS pada metode PM3 ini relatif berbeda, khususnya untuk persamaan 5. Dengan
melihat parameter statistik PRESS dapat ditentukan model persamaan terbaik adalah
model persamaan 5 yang mempunyai harga PRESS paling kecil. Dengan demikian,
11
pada analisis QSAR terhadap senyawa 1,2,4-thiadiazolin yang didasarkan pada
perhitungan elektronik dengan metode PM3 dengan melihat parameter-parameter
statistik r, r2, SE, Fhitung/Ftabel dan PRESS dihasilkan model persamaan QSAR
terbaik adalah model persamaan 5, sebagai berikut:
pEC50 = -11,288 – 3,027 EHOMO +(5,938.10-4) ET +(7,432.10-3) Eb –(9,81.10-5) Ee –
3,143 log P – 1,622 α - 0,526 GLOB + 0,714 MR +3,665 log Koc
n=19 r=0,878 SE=0,272 Fhitung/Ftabel=1,054 PRESS=0,703
Tabel 6. Data pEC50 prediksi untuk model-model QSAR
Senyawa pEC50pred
No pEC50eksp
Model 5 Model 6 Model 7 Model 8 Model 9
1 4,54 4,31 4,22 4,31 4,35 4,31
2 4,67 4,30 4,25 4,37 4,40 4,34
3 4,11 4,51 4,77 4,77 4,80 4,71
4 4,50 4,48 4,45 4,44 4,44 4,48
5 4,11 4,45 4,38 4,47 4,51 4,43
6 4,08 4,28 4,20 4,28 4,31 4,30
7 4,16 4,08 4,05 4,18 4,18 4,23
8 4,50 4,04 4,02 3,89 3,94 3,95
9 3,49 4,12 4,11 4,13 4,18 4,15
10 4,48 4,40 4,31 4,26 4,27 4,04
11 3,39 3,48 3,53 3,64 3,69 3,65
12 4,18 4,12 4,05 4,07 4,10 4,04
13 3,16 3,55 3,56 3,62 3,64 3,62
14 4,39 4,02 3,96 4,02 4,05 3,94
15 4,07 3,20 3,27 3,33 3,34 3,31
16 4,18 4,09 4,13 4,25 4,27 4,22
17 4,12 4,32 4,27 4,21 4,23 4,30
18 4,40 3,84 3,84 3,91 3,94 4,00
19 4,10 4,12 4,07 4,11 4,15 4,16
PRESS 0,70 0,84 0,87 0,87 0,96
Pemilihan model persamaan 5 sebagai persamaan QSAR terbaik bertitik tolak
pada hal-hal berikut :
1. Nilai r yang relatif tinggi yaitu 0,878
Nilai r yang mendekati 1 ini menyatakan bahwa korelasi antara sifat fisikokimia
dengan pEC50 sangat erat.
12
2. Nilai SE atau standard error yang relatif kecil yaitu 0,272
Kecilnya harga SE menyatakan bahwa penyimpangan data yang terjadi sangat
kecil, atau dapat dikatakan bahwa signifikasi data tinggi.
3. Nilai Fhitung/Ftabel lebih besar dari 1 yaitu 1,054
Nilai Fhitung/Ftabel lebih besar dari 1 menyatakan bahwa H1 diterima, yang berarti
ada signifikan pada tingkat kepercayaan 95% antara sifat fisikokimia senyawa
dengan aktivitasnya sebagai senyawa fungisida (pEC50)
4. Mempunyai harga PRESS yang paling kecil yaitu 0,703
Nilai PRESS data yang kecil memberikan gambaran bahwa perbedaan antara
aktivitas senyawa fungisida eksperimen dengan aktivitas senyawa fungisida
prediksi kecil. Ini berarti bahwa model persamaan mempunyai kemampuan yang
cukup baik untuk memprediksikan aktivitas fungisida seri senyawa turunan 1,2,4-
thiadiazolin.
5. Melibatkan parameter yang relatif sedikit yaitu 9 parameter sehingga persamaan
modelnya relatif sederhana
Korelasi antara aktivitas fungisida eksperimen (pEC50eksp) dengan aktivitas
fungisida prediksi (pEC50pred) untuk model persamaan QSAR terbaik diberikan pada
grafik Gambar 3.
y = 0.7738x + 0.8936
R2 = 0.7701
3
3.5
4
4.5
5
3 3.5 4 4.5 5
pEC50exp
pEC50pred
Gambar 3. Grafik korelasi antara aktivitas fungisida eksperimen (pEC50eksp) dengan
aktivitas fungisida prediksi (pEC50pred)
13
KESIMPULAN
Model persamaan QSAR yang diperoleh mengindikasikan bahwa deskriptor
yang bertanggungjawab terhadap aktivitas senyawa fungisida turunan 1,2,4-
thiadiazolin adalah refraktivitas molar, globularitas, polarisabilitas molekular,
koefisien partisi n-oktanol/air, energi HOMO, energi total sistem molekul, energi
elektronik dan koefisien partisi tanah/air. Untuk desain senyawa fungisida baru
turunan 1,2,4-thiadiazolin sebaiknya dilakukan dengan cara memvariasi gugus-gugus
yang dapat mengubah harga deskriptor-deskriptor tersebut sedemikian rupa sehingga
menaikkan aktivitas fungisida senyawa yang diusulkan.
DAFTAR PUSTAKA
Hanum, M., 2003, Analisis Hubungan Kuantitatif Antara Struktur dan Aktivitas
Fungisida Turunan 1,2,4-Thiadiazolin Berdasarkan Perhitungan Muatan
Bersih Atom, Skripsi S1 FMIPA, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta.
Karelson, M., Lobanov, V.S., dan Katrizky, A.R., 1996, Quantum-Chemical
Descriptors in QSAR/QSPR Studies, Chem. Rev., 96, 1027-1043.
Kubinyi, H., 1993, QSAR : Hansch Analysis and Related Approach, VCH
Verlagsgesellschafr, Weinheim.
Lee, K.W., Kwon, S.Y., Hwang, S., Lee, J.U., dan Kim, H., 1996, Quantitative
Structure-Activity Relationship (QSAR) Study on C-7 Substituted Quinolone,
Bull. Korean Chen. Soc., 17, 147-152
Nakayama,A., Hagiwara,K., Hashimoto,S., dan Hosaka, 1995, Quantitative
Structure-Activity and Molecular Modeling Studies of Novel Fungicides and
Herbicides Having 1,2,4-Thiadiazoline Structure, Am. Chem. Soc.,
Washington, DC, 213-228
Richon, A.B., dan Young, S.S., 1997, An Introduction to QSAR Methodology,
Http://www.netsci.org/science/compchem/feature19.html/ diakses tanggal 7
maret 2003.
Sardjoko, 1993, Rancangan Obat, Gadjah Mada University Press, Yogyakarta