ChemSpider

ChemSpider

ChemSpider adalah struktur database bebas kimia menyediakan teks yang cepat dan akses pencarian untuk struktur lebih dari 26 juta struktur dari ratusan sumber data. 

Cara menggunakan web services ChemSpider dari Knime 

KNIME adalah open source integrasi data, pengolahan, analisis, dan platform eksplorasi yang dapat digunakan untuk membuat alur kerja untuk menganalisis data.

Knime telah bereksperimen dengan menambahkan node untuk sebuah proyek yang akan memanggil web services ChemSpider untuk melakukan pencarian sederhana di atasnya dan petunjuk di bawah ini menjelaskan bagaimana untuk mereproduksi eksperimen kami. Hal ini dilakukan dengan KNIME 2.5.0, dengan "Klien WebService Generik" KNIME ekstensi diinstal.

1. Dari Repositori Node menemukan "Klien WebService Generik" di bawah folder "Misc" dan drag ke dalam proyek Knime untuk menambahkan node baru
2. Klik kanan pada "Klien WebService Generik" dan klik pada "Configure ..." pilihan
3. WSDL untuk setiap WebService ChemSpider dapat ditemukan dengan menggunakan link dari halaman untuk WebService yang tepat. Sebagai contoh, WSDL untuk WebService Cari berada di http://www.chemspider.com/Search.asmx. Namun, jika Anda memasukkan ini sebagai lokasi WSDL Anda akan mendapatkan error ketika Anda mengklik "Menganalisis" tombol (karena pengecualian SOAP "'soapenc: Array' tipe sederhana atau complext terdefinisi. Ini adalah sesuatu yang kita cari dalam menangani di ChemSpider, tapi untuk saat ini solusi untuk menyalin WSDL, menggantikan soapenc kuno: Array tipe dengan TNS: ArrayOfString, dan menyimpan dan menggunakan WSDL diubah secara local. Tersedia untuk download here. File ini harus didownload, dan diekstraksi. Hal ini kemudian dapat dimasukkan dalam kolom "Lokasi WSDL" dari klien WebService Generik di KNIME (menggunakan lokasi dalam bentuk:.. file: / C: / temp / ChemSpiderSearchWSDL_no_soapencArray.WSDL) yang kemudian akan diproses dengan benar pada mengklik "Menganalisis" tombol
4. Mengatur Port, operasi, input dan output seperti yang dipersyaratkan - lihat screencapture di bawah ini untuk pengaturan untuk demonstrasi saya. Perhatikan bahwa Anda harus menggunakan tanda Anda sendiri sebagai nilai untuk input tanda - jika Anda tidak memiliki satu sudah kemudian melihat petunjuk di sini untuk petunjuk.
5. Tambahkan input dan output yang terhubung node ke dan dari node ini Klien WebService Generik diperlukan. Sebagai contoh, Anda bisa menambahkan node FileReader sebagai node awal, yang berbunyi dalam isi dari sebuah file teks yang hanya berisi istilah pencarian sebagai masukan (dan mengadaptasi nilai input diterima sebagai nilai masukan query SimpleSearch untuk peta untuk kolom ini, bukan hardcoding dalam nilai untuk mencari).Dan CSID output yang bisa ditulis ke file csv dengan menggunakan simpul Penulis CSV.
6. Untuk mengeksekusi alur kerja, file csv output yang dibuat yang berisi ID ChemSpider (s) dari setiap senyawa yang cocok dengan istilah pencarian. Dalam kasus pencarian untuk "benzena" yang diambil adalah 236 CSID.

sumber : http://www.chemspider.com/